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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Turbomole/ORCA » .log文件如何转换为.xyz文件
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litingde

新虫 (初入文坛)

[求助] .log文件如何转换为.xyz文件 已有1人参与

高斯优化后，没出结果，想用Turbomole继续优化，如何将log文件能转换为xyz文件?
谢谢
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1楼 2014-05-19 09:41:37
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ggdh

专家顾问 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
在windows下的做法可以是用chemcraft打开log文件，然后另存为xyz文件即可
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2楼2014-05-19 20:46:24
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ggdh

专家顾问 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
gmy1990: 金币+2 2014-05-19 23:15:15
如果是linux系统可以用下面我提供的log2xyz脚本
用法 改为可执行后，加入PATH
然后log2xyz xxx.log > xxx.xyz
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  • 附件 1 : log2xyz
    • 2014-05-19 21:50:29, 198 bytes
3楼2014-05-19 21:54:10
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litingde

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by ggdh at 2014-05-19 21:54:10
如果是linux系统可以用下面我提供的log2xyz脚本
用法 改为可执行后，加入PATH
然后log2xyz xxx.log > xxx.xyz

谢谢
但直接输入log2xyz 显示没有这个命令command not found
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4楼2014-05-20 09:56:50
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ggdh

专家顾问 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
litingde: 金币+5, ★★★★★最佳答案, 谢谢 2014-05-21 14:40:37
1.cd到你放log2xyz的目录
2.输入命令 chmod +x log2xyz
3. 输入下面两个命令把log2xyz文件拷贝到g09目录下
g09path=$(which g09)
cp log2xyz ${g09path%/*}
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5楼2014-05-20 13:07:59
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ifree

金虫 (小有名气)
推荐openbabel，http://openbabel.org/wiki/Main_Page
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6楼2014-05-22 20:06:47
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xinpi

新虫 (初入文坛)
直接输入 newzmat（空格-ichk 空格-oxzy  然后是要转的文件名.chk   就能得到xyz 文件。我都是这样做的。 记得 中间要加空格
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» 本帖已获得的红花（最新10朵）

ggdh
7楼2014-05-23 13:49:33
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ggdh

专家顾问 (正式写手)
送红花一朵
引用回帖:
7楼: Originally posted by xinpi at 2014-05-23 13:49:33
直接输入 newzmat（空格-ichk 空格-oxzy  然后是要转的文件名.chk   就能得到xyz 文件。我都是这样做的。 记得 中间要加空格

学习了
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8楼2014-05-24 12:51:50
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xuannuo5

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
5楼: Originally posted by ggdh at 2014-05-20 13:07:59
1.cd到你放log2xyz的目录
2.输入命令 chmod +x log2xyz
3. 输入下面两个命令把log2xyz文件拷贝到g09目录下
g09path=$(which g09)
cp log2xyz ${g09path%/*}

您好，我这个命令得到的xyz文件是空的，想请教一下，是不是我哪里的操作有问题
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9楼2015-05-07 18:22:16
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