| 查看: 2587 | 回复: 4 | ||
lhkkkkk铁杆木虫 (小有名气)
|
[求助]
lammps做水分子模拟运行时出错，直接报错bad termination
|
|
请问一下各位我在做水分子的一个算例时出错了是什么问题，如何改正？脚本文件（in.water）如下： # -- Default styles (for solo "TIP3P_2004" water) -- units real atom_style full pair_style hybrid lj/charmm/coul/long 10.0 10.5 10.5 bond_style hybrid harmonic angle_style hybrid harmonic kspace_style pppm 0.0001 pair_modify mix arithmetic read_data "water.data" bond_coeff 1 harmonic 450.0 0.9572 angle_coeff 1 harmonic 55.0 104.52 ######################################################################### #### O-O interactions ######################################################################### #### O-O nonbonded interactions # For the 2004 Price & Brooks version of TIP3P use: pair_coeff 1 1 lj/charmm/coul/long 0.102 3.188 ######################################################################### #### O-H and H-H interactions ######################################################################### #### CHARMM uses an arithmetic mixing-rule for the O-H sigma parameter pair_coeff 2 2 lj/charmm/coul/long 0.0460 0.4000 pair_coeff 1 2 lj/charmm/coul/long 0.0836 1.7753 #arithmetic # Define a group for the tip3p water molecules: group tip3p type 1 2 # Optional: Constrain the angles and distances. # (Most implementations use this, but it is optional.) fix fShakeTIP3P tip3p shake 0.0001 10 100 b 1 a 1 # (Remember to "unfix" fShakeTIP3P during minimization.) run 0 water.data文件如下，只有8个水分子： #LAMMPS Description 24 atoms 16 bonds 8 angles 0 dihedrals 0 impropers 2 atom types 1 bond types 1 angle types 0.0 7 xlo xhi 0.0 7 ylo yhi 0.0 7 zlo zhi Masses 1 15.9994 2 1.008 Atoms 1 1 1 -0.830 0.0 0.0 0.0 2 1 2 0.415 0.756950327 0.0 0.5858822766 3 1 2 0.415 -0.756950327 0.0 0.5858822766 4 2 1 -0.830 3.45 0.0 0.0 5 2 2 0.415 4.206950327 0.0 0.5858822766 6 2 2 0.415 2.693049673 0.0 0.5858822766 7 3 1 -0.830 0.0 3.45 0.0 8 3 2 0.415 0.756950327 3.45 0.5858822766 9 3 2 0.415 -0.756950327 3.45 0.5858822766 10 4 1 -0.830 3.45 3.45 0.0 11 4 2 0.415 4.206950327 3.45 0.5858822766 12 4 2 0.415 2.693049673 3.45 0.5858822766 13 5 1 -0.830 0.0 0.0 3.45 14 5 2 0.415 0.756950327 0.0 4.0358822766 15 5 2 0.415 -0.756950327 0.0 4.0358822766 16 6 1 -0.830 3.45 0.0 3.45 17 6 2 0.415 4.206950327 0.0 4.0358822766 18 6 2 0.415 2.693049673 0.0 4.0358822766 19 7 1 -0.830 0.0 3.45 3.45 20 7 2 0.415 0.756950327 3.45 4.0358822766 21 7 2 0.415 -0.756950327 3.45 4.0358822766 22 8 1 -0.830 3.45 3.45 3.45 23 8 2 0.415 4.206950327 3.45 4.0358822766 24 8 2 0.415 2.693049673 3.45 4.0358822766 Bonds 1 1 1 2 2 1 1 3 3 1 4 5 4 1 4 6 5 1 7 8 6 1 7 9 7 1 10 11 8 1 10 12 9 1 13 14 10 1 13 15 11 1 16 17 12 1 16 18 13 1 19 20 14 1 19 21 15 1 22 23 16 1 22 24 Angles 1 1 2 1 3 2 1 5 4 6 3 1 8 7 9 4 1 11 10 12 5 1 14 13 15 6 1 17 16 18 7 1 20 19 21 8 1 23 22 24 问题是，在in.water脚本中添加了run 0命令或者minimize等后运行会出现一下错误： BAD TERMINATION OF ONE OF YOUR APPLICATION PROCESSES EXIT CODE:139 等等 关键是这个错误直接报错bad termination，一点提示也没有，错误都找不着。。。 谁能告我一下原因呢，非常感谢！ |
回复此楼» 猜你喜欢
售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急
已经有3人回复
-
国自然面上复盘~欢迎讨论
已经有16人回复
-
售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急
已经有3人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急
已经有4人回复
-
有没有仍没收到信息的
已经有6人回复
-
售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急
已经有4人回复
-
售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急
已经有7人回复
-
售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急
已经有6人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急
已经有8人回复
-
面上意见出来了
已经有12人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
mileyfan
新虫 (小有名气)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 221.8
- 帖子: 53
- 在线: 42.4小时
- 虫号: 3333003
- 注册: 2014-07-21
- 专业: 气体放电与放电等离子体技
2楼2015-07-17 10:28:53
lhkkkkk
铁杆木虫 (小有名气)
- 应助: 2 (幼儿园)
- 金币: 5184.5
- 帖子: 65
- 在线: 177.9小时
- 虫号: 2992798
- 注册: 2014-02-25
- 性别: GG
- 专业: 固体力学
3楼2015-07-17 15:08:58
mileyfan
新虫 (小有名气)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 221.8
- 帖子: 53
- 在线: 42.4小时
- 虫号: 3333003
- 注册: 2014-07-21
- 专业: 气体放电与放电等离子体技
4楼2015-07-18 17:23:01
mileyfan
新虫 (小有名气)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 221.8
- 帖子: 53
- 在线: 42.4小时
- 虫号: 3333003
- 注册: 2014-07-21
- 专业: 气体放电与放电等离子体技
5楼2015-07-19 11:05:53
30