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lhkkkkk

铁杆木虫 (小有名气)

[求助] lammps做水分子模拟运行时出错,直接报错bad termination

请问一下各位我在做水分子的一个算例时出错了是什么问题,如何改正?脚本文件(in.water)如下:
     # -- Default styles (for solo "TIP3P_2004" water) --
    units        real
    atom_style   full

    pair_style   hybrid lj/charmm/coul/long 10.0 10.5 10.5
    bond_style   hybrid harmonic
    angle_style  hybrid harmonic
    kspace_style pppm 0.0001
    pair_modify  mix arithmetic

    read_data "water.data"

    bond_coeff  1         harmonic            450.0  0.9572
    angle_coeff 1       harmonic             55.0  104.52

    #########################################################################
    ####  O-O interactions
    #########################################################################
    ####  O-O nonbonded interactions

    #   For the 2004 Price & Brooks version of TIP3P use:
    pair_coeff  1 1  lj/charmm/coul/long 0.102 3.188
    #########################################################################
    ####   O-H and H-H interactions
    #########################################################################
####  CHARMM uses an arithmetic mixing-rule for the O-H sigma parameter
    pair_coeff  2 2  lj/charmm/coul/long 0.0460 0.4000
    pair_coeff  1 2  lj/charmm/coul/long 0.0836 1.7753 #arithmetic


    # Define a group for the tip3p water molecules:
    group tip3p type  1  2

    # Optional: Constrain the angles and distances.
    #           (Most implementations use this, but it is optional.)
    fix fShakeTIP3P tip3p shake 0.0001 10 100 b 1 a 1
    # (Remember to "unfix" fShakeTIP3P during minimization.)

    run 0


water.data文件如下,只有8个水分子:
#LAMMPS Description

     24  atoms
     16  bonds
     8  angles
     0  dihedrals
     0  impropers

     2  atom types
     1  bond types
     1  angle types

  0.0 7 xlo xhi
  0.0 7 ylo yhi
  0.0 7 zlo zhi

Masses

    1 15.9994
    2 1.008

Atoms

1 1 1 -0.830 0.0 0.0 0.0
2 1 2 0.415 0.756950327 0.0 0.5858822766
3 1 2 0.415 -0.756950327 0.0 0.5858822766
4 2 1 -0.830 3.45 0.0 0.0
5 2 2 0.415 4.206950327 0.0 0.5858822766
6 2 2 0.415 2.693049673 0.0 0.5858822766
7 3 1 -0.830 0.0 3.45 0.0
8 3 2 0.415 0.756950327 3.45 0.5858822766
9 3 2 0.415 -0.756950327 3.45 0.5858822766
10 4 1 -0.830 3.45 3.45 0.0
11 4 2 0.415 4.206950327 3.45 0.5858822766
12 4 2 0.415 2.693049673 3.45 0.5858822766
13 5 1 -0.830 0.0 0.0 3.45
14 5 2 0.415 0.756950327 0.0 4.0358822766
15 5 2 0.415 -0.756950327 0.0 4.0358822766
16 6 1 -0.830 3.45 0.0 3.45
17 6 2 0.415 4.206950327 0.0 4.0358822766
18 6 2 0.415 2.693049673 0.0 4.0358822766
19 7 1 -0.830 0.0 3.45 3.45
20 7 2 0.415 0.756950327 3.45 4.0358822766
21 7 2 0.415 -0.756950327 3.45 4.0358822766
22 8 1 -0.830 3.45 3.45 3.45
23 8 2 0.415 4.206950327 3.45 4.0358822766
24 8 2 0.415 2.693049673 3.45 4.0358822766

Bonds

1 1 1 2
2 1 1 3
3 1 4 5
4 1 4 6
5 1 7 8
6 1 7 9
7 1 10 11
8 1 10 12
9 1 13 14
10 1 13 15
11 1 16 17
12 1 16 18
13 1 19 20
14 1 19 21
15 1 22 23
16 1 22 24

Angles

1 1 2 1 3
2 1 5 4 6
3 1 8 7 9
4 1 11 10 12
5 1 14 13 15
6 1 17 16 18
7 1 20 19 21
8 1 23 22 24


问题是,在in.water脚本中添加了run 0命令或者minimize等后运行会出现一下错误:
BAD TERMINATION OF ONE OF YOUR APPLICATION PROCESSES
EXIT CODE:139
等等

关键是这个错误直接报错bad termination,一点提示也没有,错误都找不着。。。
谁能告我一下原因呢,非常感谢!
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mileyfan

新虫 (小有名气)

楼主,我也遇到了相同的问题。
想请教下现在这个问题解决了么?
谢谢啦!!
2楼2015-07-17 10:28:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lhkkkkk

铁杆木虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by mileyfan at 2015-07-17 10:28:53
楼主,我也遇到了相同的问题。
想请教下现在这个问题解决了么?
谢谢啦!!

依旧没有啊
3楼2015-07-17 15:08:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

mileyfan

新虫 (小有名气)

同样在困扰这个问题啊!
4楼2015-07-18 17:23:01
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mileyfan

新虫 (小有名气)

楼主,我也遇到了同样的问题,后来尝试把long长程模型改为cut截断模型,就没有这个问题了。不知道这两个区别在哪里。
5楼2015-07-19 11:05:53
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