应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » lammps做水分子模拟运行时出错，直接报错bad termination
汕头大学海洋科学接受调剂
51/1返回列表
查看: 2488  |  回复: 4
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

lhkkkkk

铁杆木虫 (小有名气)

[求助] lammps做水分子模拟运行时出错，直接报错bad termination

请问一下各位我在做水分子的一个算例时出错了是什么问题，如何改正？脚本文件（in.water）如下：
     # -- Default styles (for solo "TIP3P_2004" water) --
    units        real
    atom_style   full

    pair_style   hybrid lj/charmm/coul/long 10.0 10.5 10.5
    bond_style   hybrid harmonic
    angle_style  hybrid harmonic
    kspace_style pppm 0.0001
    pair_modify  mix arithmetic

    read_data "water.data"

    bond_coeff  1         harmonic            450.0  0.9572
    angle_coeff 1       harmonic             55.0  104.52

    #########################################################################
    ####  O-O interactions
    #########################################################################
    ####  O-O nonbonded interactions

    #   For the 2004 Price & Brooks version of TIP3P use:
    pair_coeff  1 1  lj/charmm/coul/long 0.102 3.188
    #########################################################################
    ####   O-H and H-H interactions
    #########################################################################
####  CHARMM uses an arithmetic mixing-rule for the O-H sigma parameter
    pair_coeff  2 2  lj/charmm/coul/long 0.0460 0.4000
    pair_coeff  1 2  lj/charmm/coul/long 0.0836 1.7753 #arithmetic


    # Define a group for the tip3p water molecules:
    group tip3p type  1  2

    # Optional: Constrain the angles and distances.
    #           (Most implementations use this, but it is optional.)
    fix fShakeTIP3P tip3p shake 0.0001 10 100 b 1 a 1
    # (Remember to "unfix" fShakeTIP3P during minimization.)

    run 0


water.data文件如下，只有8个水分子：
#LAMMPS Description

     24  atoms
     16  bonds
     8  angles
     0  dihedrals
     0  impropers

     2  atom types
     1  bond types
     1  angle types

  0.0 7 xlo xhi
  0.0 7 ylo yhi
  0.0 7 zlo zhi

Masses

    1 15.9994
    2 1.008

Atoms

1 1 1 -0.830 0.0 0.0 0.0
2 1 2 0.415 0.756950327 0.0 0.5858822766
3 1 2 0.415 -0.756950327 0.0 0.5858822766
4 2 1 -0.830 3.45 0.0 0.0
5 2 2 0.415 4.206950327 0.0 0.5858822766
6 2 2 0.415 2.693049673 0.0 0.5858822766
7 3 1 -0.830 0.0 3.45 0.0
8 3 2 0.415 0.756950327 3.45 0.5858822766
9 3 2 0.415 -0.756950327 3.45 0.5858822766
10 4 1 -0.830 3.45 3.45 0.0
11 4 2 0.415 4.206950327 3.45 0.5858822766
12 4 2 0.415 2.693049673 3.45 0.5858822766
13 5 1 -0.830 0.0 0.0 3.45
14 5 2 0.415 0.756950327 0.0 4.0358822766
15 5 2 0.415 -0.756950327 0.0 4.0358822766
16 6 1 -0.830 3.45 0.0 3.45
17 6 2 0.415 4.206950327 0.0 4.0358822766
18 6 2 0.415 2.693049673 0.0 4.0358822766
19 7 1 -0.830 0.0 3.45 3.45
20 7 2 0.415 0.756950327 3.45 4.0358822766
21 7 2 0.415 -0.756950327 3.45 4.0358822766
22 8 1 -0.830 3.45 3.45 3.45
23 8 2 0.415 4.206950327 3.45 4.0358822766
24 8 2 0.415 2.693049673 3.45 4.0358822766

Bonds

1 1 1 2
2 1 1 3
3 1 4 5
4 1 4 6
5 1 7 8
6 1 7 9
7 1 10 11
8 1 10 12
9 1 13 14
10 1 13 15
11 1 16 17
12 1 16 18
13 1 19 20
14 1 19 21
15 1 22 23
16 1 22 24

Angles

1 1 2 1 3
2 1 5 4 6
3 1 8 7 9
4 1 11 10 12
5 1 14 13 15
6 1 17 16 18
7 1 20 19 21
8 1 23 22 24


问题是，在in.water脚本中添加了run 0命令或者minimize等后运行会出现一下错误：
BAD TERMINATION OF ONE OF YOUR APPLICATION PROCESSES
EXIT CODE:139
等等

关键是这个错误直接报错bad termination，一点提示也没有，错误都找不着。。。
谁能告我一下原因呢，非常感谢！
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
1楼 2014-05-04 11:20:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

mileyfan

新虫 (小有名气)
楼主，我也遇到了相同的问题。
想请教下现在这个问题解决了么？
谢谢啦！！
赞一下 回复此楼
2楼2015-07-17 10:28:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lhkkkkk

铁杆木虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by mileyfan at 2015-07-17 10:28:53
楼主，我也遇到了相同的问题。
想请教下现在这个问题解决了么？
谢谢啦！！

依旧没有啊
回复此楼
3楼2015-07-17 15:08:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

mileyfan

新虫 (小有名气)
同样在困扰这个问题啊！
赞一下 回复此楼
4楼2015-07-18 17:23:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

mileyfan

新虫 (小有名气)
楼主，我也遇到了同样的问题，后来尝试把long长程模型改为cut截断模型，就没有这个问题了。不知道这两个区别在哪里。
赞一下 回复此楼
5楼2015-07-19 11:05:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 lhkkkkk 的主题更新
51/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 食品与营养（0955）271求调剂 +13 升格阿达 2026-04-12 14/700 2026-04-14 11:40 by 升格阿达
[考研] 药学305求调剂 +9 玛卡巴卡boom 2026-04-10 9/450 2026-04-14 11:20 by 不我拉绿卡
[考研] 本科郑州大学，一志愿华东师范大学282求调剂 +28 熊哥xtk 2026-04-07 33/1650 2026-04-13 17:48 by 邹gv
[考研] 生物学308分求调剂（一志愿华东师大）做过分子实验 +9 相信必会光芒万� 2026-04-07 10/500 2026-04-13 10:20 by 可淡不可忘
[考研] 322求调剂，08工科 +4 今天是个小号 2026-04-08 4/200 2026-04-13 00:20 by baobaoye
[考研] 291求调剂 +11 关忆北. 2026-04-09 12/600 2026-04-12 10:32 by 逆水乘风
[考研] 调剂 +10 只叙离别辞 2026-04-09 12/600 2026-04-11 20:57 by 逆水乘风
[考研] 070300化学279求调剂 +19 哈哈哈^_^ 2026-04-08 20/1000 2026-04-11 20:43 by stoner78
[考研] 0859，337求调剂 +4 研s. 2026-04-10 4/200 2026-04-11 11:34 by caotw2020
[考研] 085402通信工程调剂，有4项学科竞赛国奖（电赛国二），硕士研究生调剂自荐信。 +5 m永o不v言o弃m 2026-04-09 5/250 2026-04-11 09:33 by zhq0425
[考研] 289 分105500药学专硕求调剂(找B区学校) +6 白云123456789 2026-04-09 8/400 2026-04-10 21:13 by zhouxiaoyu
[考研] 284求调剂 +9 让我上岸吧阿西 2026-04-09 11/550 2026-04-10 19:18 by 靖jing
[考研] 求调剂 材料与工程 324分 专硕 +19 翩翩一书生 2026-04-10 21/1050 2026-04-10 11:41 by wp06
[考研] 调剂申请086000一志愿西北农林科技大学生物与医药320分-本科齐鲁工业大学 +3 美美女士 2026-04-09 3/150 2026-04-10 10:31 by liuhuiying09
[考研] 292求调剂 +9 笑笑袁 2026-04-09 9/450 2026-04-10 10:05 by LHGeng
[考研] 311求调剂 +6 surte 2026-04-08 13/650 2026-04-09 14:00 by surte
[考研] 086000生物与医药调剂 +7 awwwwwooooo 2026-04-09 7/350 2026-04-09 13:31 by 北极159263
[考研] 求考研材料调剂 +3 材化李可 2026-04-07 3/150 2026-04-08 00:21 by JourneyLucky
[考研] 388求调剂 +6 四川王涛 2026-04-07 8/400 2026-04-08 00:17 by JourneyLucky
[考研] 318求调剂 +5 李青山山山 2026-04-07 5/250 2026-04-07 18:24 by 蓝云思雨
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭