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dnp

荣誉版主 (知名作家)

小木虫浪子

优秀版主

[交流] [求助]蛋白质库搜索结果分析

现在有一些蛋白质数据,通过Sequest算法对蛋白质库进行了搜索,输出结果如下(我只是截取了一段,参数省略,只有蛋白质匹配结果):

  #  Rank/Sp (M+H)+       deltCn    XCorr    Sp        Ions              
---    -------    ---------        ------      ------       ----       ----
  1.   1 / 36  2639.0678  0.0000  1.8826   294.8  21/100
  2.   2 /  4  2638.0813  0.0195  1.8459   398.0  21/80  
  3.   3 / 49  2637.9159  0.0344  1.8179   281.8  19/92  
  4.   4 /138  2639.2609  0.1016  1.6914   238.3  18/96  
  5.   5 / 24  2637.9499  0.1404  1.6184   311.9  22/104

  7.   7 /  1  2640.0289  0.1693  1.5638   463.1  22/88  

————————————————————————————————————————

#            Reference                              Peptide
---             ---------                                   -------
1. gi|1573992|gb|AAC22626.1|  Q.AHSLGLKAVISSSIESSLGLSQLARI.A
2. gi|1572999|gb|AAC21730.1|  S.KVLYDSFYKKYDWAKDVVQKI.N
3. SW:K1CJ_HUMAN               E.ASLAETEGRYCVQLSQIQAQISAL.E
4. gi|1574079|gb|AAC22704.1|  I.LALLGIGFIASIMHLGLPIRAFNSL.N
5. gi|1573748|gb|AAC22400.1|  N.GGGQIVSPADKDIAALIDKVAAGNIQD.L

7. gi|1573037|gb|AAC21764.1|  Q.VESVLYPNKGGMLSFRLQDEAWV.N

问题是:
请问Reference那一列中那些的代号代表什么,蛋白质代号么?应助的虫友将有5金币的酬谢,谢谢……
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What would Jesus do?
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lengshan1977

★ ★
dnp(金币+2,VIP+0):呵呵,明白了,谢谢……
每个蛋白在数据库中都有一个对应的Accession number,我们有的时候也称它为gi号,也就是你看到的那一列信息。NCBI non redundant database
5楼2008-03-10 10:07:49
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taotao4108

金虫 (正式写手)

无理

reasonspare(金币+0,VIP+0):xiexie 欢迎常来,.
刚才查了半天,没有查到,希望以后能多与你交流,我也要做蛋白质组学
2楼2008-03-09 22:59:53
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anquren

金虫 (正式写手)

★ ★ ★
dnp(金币+3,VIP+0):谢谢帮助,请问这些有没有相关的文献或者网站等资料?谢谢……
Reference那一列是蛋白质的代号,每一个蛋白都有一个gi 号以及gb 号,知道这两个号的任意一个,就可以提取出序列及其他信息。
3楼2008-03-09 23:59:38
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dnp

荣誉版主 (知名作家)

小木虫浪子

优秀版主

呵呵,谢谢楼上的帮助,对于gi以及gb号有什么意义呢?对于这个序号一般是到哪个数据库里面查?有没有相关资料?谢谢……
What would Jesus do?
4楼2008-03-10 08:08:32
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