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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » [求助]蛋白质库搜索结果分析
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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dnp

荣誉版主 (知名作家)

小木虫浪子

优秀版主

[交流] [求助]蛋白质库搜索结果分析

现在有一些蛋白质数据，通过Sequest算法对蛋白质库进行了搜索，输出结果如下(我只是截取了一段，参数省略，只有蛋白质匹配结果)：

  #  Rank/Sp (M+H)+       deltCn    XCorr    Sp        Ions              
---    -------    ---------        ------      ------       ----       ----
  1.   1 / 36  2639.0678  0.0000  1.8826   294.8  21/100
  2.   2 /  4  2638.0813  0.0195  1.8459   398.0  21/80  
  3.   3 / 49  2637.9159  0.0344  1.8179   281.8  19/92  
  4.   4 /138  2639.2609  0.1016  1.6914   238.3  18/96  
  5.   5 / 24  2637.9499  0.1404  1.6184   311.9  22/104

  7.   7 /  1  2640.0289  0.1693  1.5638   463.1  22/88  

————————————————————————————————————————

#            Reference                              Peptide
---             ---------                                   -------
1. gi|1573992|gb|AAC22626.1|  Q.AHSLGLKAVISSSIESSLGLSQLARI.A
2. gi|1572999|gb|AAC21730.1|  S.KVLYDSFYKKYDWAKDVVQKI.N
3. SW:K1CJ_HUMAN               E.ASLAETEGRYCVQLSQIQAQISAL.E
4. gi|1574079|gb|AAC22704.1|  I.LALLGIGFIASIMHLGLPIRAFNSL.N
5. gi|1573748|gb|AAC22400.1|  N.GGGQIVSPADKDIAALIDKVAAGNIQD.L

7. gi|1573037|gb|AAC21764.1|  Q.VESVLYPNKGGMLSFRLQDEAWV.N

问题是：
请问Reference那一列中那些的代号代表什么，蛋白质代号么？应助的虫友将有5金币的酬谢，谢谢……
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What would Jesus do?
1楼 2008-03-09 16:23:54
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anquren

金虫 (正式写手)
★ ★ ★
dnp(金币+3,VIP+0):谢谢帮助，请问这些有没有相关的文献或者网站等资料？谢谢……
Reference那一列是蛋白质的代号，每一个蛋白都有一个gi 号以及gb 号，知道这两个号的任意一个，就可以提取出序列及其他信息。
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3楼2008-03-09 23:59:38
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taotao4108

金虫 (正式写手)

无理
reasonspare(金币+0,VIP+0):xiexie 欢迎常来,.
刚才查了半天，没有查到，希望以后能多与你交流，我也要做蛋白质组学
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2楼2008-03-09 22:59:53
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dnp

荣誉版主 (知名作家)

小木虫浪子

优秀版主
呵呵，谢谢楼上的帮助，对于gi以及gb号有什么意义呢？对于这个序号一般是到哪个数据库里面查？有没有相关资料？谢谢……
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What would Jesus do?
4楼2008-03-10 08:08:32
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lengshan1977

★ ★
dnp(金币+2,VIP+0):呵呵，明白了，谢谢……
每个蛋白在数据库中都有一个对应的Accession number，我们有的时候也称它为gi号，也就是你看到的那一列信息。NCBI non redundant database
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5楼2008-03-10 10:07:49
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