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136zhangpong新虫 (小有名气)
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关于Amber 的MMPBSA 中的decomposition中的每一项的关系和意义
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| 我最近用了一下Amber中的MMPBSA中的decomposition功能 ，这个decomposition可以提供两种能量分解的信息，一种是把总能量分解为每一个残基（per）的贡献，教程里是说每一个残基对总能量的供献是通过计算它与系统中每一个残基相互作用产生的能量再进行加和得到的；另一种是把总能量分解为两两残基（pair）之间相互作用产生的能量。我的体系是两个肽，我计算时把所有的残基都考虑进去了。我计算了一下，把pair中的每一个特定残基与其它所有残基作用的能量进行加和，发现的确和per中给出的这些个特定残基对总能量的供献非常接近。但我还是对它给出的结果有些不明白地方，比如在pair中自己和自己作用的这些项中，只给出了polar solvation这一项，而且都是正的。还有就是例如：15号残基和57号残基相互作用贡献的polar solvation能量值为8.496kcal/mol, 但15号和15号自身作用贡献的polar solvation能量值为1.989kcal/mol, 57号和57号自身作用贡献的polar solvation 的能量值为：0.114kcal/mol;我的问题是这里给的自身和自身的polar solvation如果是这个残基对总能量贡献的polar solvation ，那对于两两相互作用的polar solvation 是什么，难道不是它们各自单独的polar solvation相加得来的吗，但根据算出来的结果，很显然我的理解是有误的；我想知道这个自身和自身，以及两两相互作用产生的polar solvation是什么样的组成，又有什么关系。还望各位不吝赐教，非常感谢。 |
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