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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 综合其他 » 已知不同群体间基因座等位基因频率，如何求Fst和p值
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xjmayuan

铜虫 (初入文坛)

[求助] 已知不同群体间基因座等位基因频率，如何求Fst和p值

看了很多文献，群体间比较时Fst和p值是用Arlequin计算了，我按照Arlequin里的Frequncy的案例编了arp文件，运行计算的Fst和p值怎么就跟table 3中的值不一样呢，哪位使用过Arlequin的朋友请帮忙看看，怎么做出一样的结果呢？是我编得文件不对？另在Arlequin的settings中我是勾选了Population compaisons的compute pairwise Fst，到底是哪一块出了问题呢？先谢了！

已知不同群体间基因座等位基因频率，如何求Fst和p值
1.jpg


已知不同群体间基因座等位基因频率，如何求Fst和p值-1
3.jpg


已知不同群体间基因座等位基因频率，如何求Fst和p值-2
4.jpg
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1楼 2014-04-25 18:48:30
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O_Mg

新虫 (初入文坛)
LZ你的问题解决了吗，遇到了跟你一样的问题，求帮助
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5楼2015-01-26 16:41:42
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xjmayuan

铜虫 (初入文坛)
[Profile]

        Title="Y chromosome microsatellite data scored as allele frequencies"

        #Reference:
        #        Skorecki et al. (1997) Y chromosome of Jewish priests. Nature 385:32.
       
        NbSamples=3                 
        DataType=FREQUENCY                
        GenotypicData=0
        LocusSeparator=' '            
        MissingData="?"       
        Frequency= REL

[Data]

#Commented microsatellite haplotype definition. Not necessary here

#        [[HaplotypeDefinition]]
#
#                HaplListName="D2S441 haplotypes on Y chromosome"
#                  HaplList={
#                        1 Yap- A
#                        2 Yap- B
#                        3 Yap- C               
#                }


[[Samples]]

        SampleName="Turkey"
        SampleSize=300
        SampleData= {
                1        0
                2        0
                3        0.1417
                4        0.375
                5        0.0467
                6        0.08
                7       0
                8        0.0283
                9        0.0017
                10      0.2717
                11      0.055       
                12      0
        }

        SampleName="Ghana"
        SampleSize=201
        SampleData= {
                1        0.0025
                2        0.05
                3        0.0597
                4        0.3706
                5        0.0348
                6        0.1641
                7       0
                8        0.0746
                9        0.0124
                9       0.2338
                11      0.0348       
                12      0.0075
        }

        SampleName="Morocco"
        SampleSize=86
        SampleData= {
                1        0
                2        0
                3        0.0988
                4        0.2616
                5        0.1105
                6        0.0349
                7       0
                8        0.0349
                9        0.0058
                10      0.3547
                11      0.0988       
                12      0       
        }
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2楼2014-04-25 18:55:06
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xjmayuan

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by xjmayuan at 2014-04-25 18:55:06
Title="Y chromosome microsatellite data scored as allele frequencies"

        #Reference:
        #        Skorecki et al. (1997) Y chromosome of Jewish priests. Nature 385:32.
       
        NbSamples=3       ...

上面是我编得arp文件，同仁们看看到底哪里出了问题？
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3楼2014-04-25 18:56:14
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candyshan

新虫 (初入文坛)
楼主你好，请问arp文件是如何获得的？多谢
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做最好的自己！
4楼2014-10-28 20:50:26
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