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[求助]
已知不同群体间基因座等位基因频率，如何求Fst和p值
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看了很多文献，群体间比较时Fst和p值是用Arlequin计算了，我按照Arlequin里的Frequncy的案例编了arp文件，运行计算的Fst和p值怎么就跟table 3中的值不一样呢，哪位使用过Arlequin的朋友请帮忙看看，怎么做出一样的结果呢？是我编得文件不对？另在Arlequin的settings中我是勾选了Population compaisons的compute pairwise Fst，到底是哪一块出了问题呢？先谢了！ 1.jpg  3.jpg  4.jpg |
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4楼2014-10-28 20:50:26
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[Profile] Title="Y chromosome microsatellite data scored as allele frequencies" #Reference: # Skorecki et al. (1997) Y chromosome of Jewish priests. Nature 385:32. NbSamples=3 DataType=FREQUENCY GenotypicData=0 LocusSeparator=' ' MissingData="?" Frequency= REL [Data] #Commented microsatellite haplotype definition. Not necessary here # [[HaplotypeDefinition]] # # HaplListName="D2S441 haplotypes on Y chromosome" # HaplList={ # 1 Yap- A # 2 Yap- B # 3 Yap- C # } [[Samples]] SampleName="Turkey" SampleSize=300 SampleData= { 1 0 2 0 3 0.1417 4 0.375 5 0.0467 6 0.08 7 0 8 0.0283 9 0.0017 10 0.2717 11 0.055 12 0 } SampleName="Ghana" SampleSize=201 SampleData= { 1 0.0025 2 0.05 3 0.0597 4 0.3706 5 0.0348 6 0.1641 7 0 8 0.0746 9 0.0124 9 0.2338 11 0.0348 12 0.0075 } SampleName="Morocco" SampleSize=86 SampleData= { 1 0 2 0 3 0.0988 4 0.2616 5 0.1105 6 0.0349 7 0 8 0.0349 9 0.0058 10 0.3547 11 0.0988 12 0 } |
2楼2014-04-25 18:55:06
3楼2014-04-25 18:56:14
5楼2015-01-26 16:41:42
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