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biostar2009

专家顾问 (正式写手)

[求助] 核苷酸质谱 已有1人参与

搞生物的,理化基础太差,问几个问题:
Nucleosides were separated by reverse phase ultra-performance liquid chromatography on a C18 column with online mass spectrometry detection using Agilent 6410 QQQ triple-quadruple LC mass spectrometer in positive electrospray ionization mode.
The nucleosides were quantified using the nucleoside to base ion mass transitions of  
282.1/ 150.1 (m6A), 268.1/136.1 (A), 244.1/112.1 (C), 284.1/152.1 (G), and 245.1/113.1 (U).
Quantification was performed by comparison with the standard curve obtained from pure nucleoside standards running at the same batch of samples. The ratio of m6A to A was calculated based on the calculated concentrations

这段话大概表面意思我懂,一些具体问题

1,反向HPLC是不是就可以把各种不同碱基的核苷酸分开?比如这里列的m6A,A,C,G,U?

2,positive electrospray ionization mode这是个什么意思,通俗易懂一点。

3,质谱对同分异构体怎么区分?比如m6A,和m1A。

4,是不是理论上质谱可以检测所有的未知物质?比如我的样品中,要是还有不是这5种的其他类型核苷酸,我能知道他是什么吗?

比如以下这些类型的分子:

核苷酸质谱
1.jpg


核苷酸质谱-1
2.jpg


核苷酸质谱-2
3.jpg


核苷酸质谱-3
4.jpg
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佑安_90

金虫 (小有名气)

1,反向HPLC是不是就可以把各种不同碱基的核苷酸分开?比如这里列的m6A,A,C,G,U?
首先,你图上画的都是核苷不是核苷酸,所以你说的m6A,A,C,G,U一般是可以分开的,难度不大

2,positive electrospray ionization mode这是个什么意思,通俗易懂一点。
核苷作为碱性物质,一般在质谱中用正离子模式得到更好的离子化效率。

3,质谱对同分异构体怎么区分?比如m6A,和m1A。
m6A,和m1A虽然母离子一致,但是其核苷骨架结构不同,所以用MRM模式可以很容易分开。
4,是不是理论上质谱可以检测所有的未知物质?比如我的样品中,要是还有不是这5种的其他类型核苷酸,我能知道他是什么吗?
除非它不能离子化,一般是可以检测未知物质的,如果想看其它被检测出的核苷酸是什么,可以对样品进行高分辨检测,然后进行二级打碎,根据得到的母离子和子离子进行搜库,现在有专门针对修饰核苷的库,你可以看一下。
trywhatyoucandoandbelieveinyouself
11楼2016-07-13 16:59:48
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wy19871124

新虫 (职业作家)

质谱首席顾问

【答案】应助回帖

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感谢参与,应助指数 +1
biostar2009: 金币+20, 有帮助, 迅速有效! 2014-04-25 14:32:13
biostar2009: 金币+50, ★★★很有帮助, 感谢热心帮助,理解中! 2014-04-26 19:13:16
positive electrospray ionization mode这是个什么意思,通俗易懂一点。
答:正离子模式,意思是使样品得到一个质子,带上正电荷,生成准分子离子
2楼2014-04-25 14:30:24
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wy19871124

新虫 (职业作家)

质谱首席顾问

【答案】应助回帖

质谱对同分异构体怎么区分?比如m6A,和m1A。
答:对于不同的结构会有不同的裂解方式,根据裂解方式来做以区分

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

3楼2014-04-25 14:31:39
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biostar2009

专家顾问 (正式写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by wy19871124 at 2014-04-25 14:31:39
质谱对同分异构体怎么区分?比如m6A,和m1A。
答:对于不同的结构会有不同的裂解方式,根据裂解方式来做以区分

核苷酸的结构贴上
质谱会把分子打碎这个我懂一点,
那么,m6A和m1A,比如,在HPLC中会有差异么?
还是说,m6A和m1A一起进入质谱仪,然后再打碎之后,从峰图判断是否存在同分异构体?
核苷酸质谱-4
1.jpg


核苷酸质谱-5
2.jpg

4楼2014-04-25 14:39:00
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