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【求助】请教分子力学与分子动力学的区别
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网上有人如下解释二者的区别，可还是不明白，分子力学的需不需要求解牛顿运动方程？在分子力学中分子的电子波函数需要求解不？分子动力学需要求解电子波函数不？ 分子动力学模拟(Molecular dynamics simulation)简称为MD模拟，其基本模拟过程是在一定系综及已知分子位能函数的条件下，从计算分子间作用力着手，求解牛顿运动方程，得到体系中每个分子微观状态随时间的真正变化，再将粒子的位置和动量组成的微观状态对时间平均，即可求出体系的压力、能量、粘度等宏观性质以及组成粒子的空间分布等微观结构。该方法既可计算体系的平衡性质，也可计算体系的各种动力学性质。 分子力学是用计算机在原子水平上模拟给定分子模型的结构与性质，进而得到分子的各种物理性质与化学性质，如结构参数、振动频率、构象能量、相互作用能量、偶极矩、密度、摩尔体积、汽化焓等。用于复杂体系的计算，Force Field (力场)： Amber CHARMM OPLS UFF [ Last edited by hufeng on 2008-3-7 at 20:12 ] |
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 MD分子动力学 |
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huairpan
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2楼2008-03-07 21:04:19
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lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢解答
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢解答
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计算机辅助药物设计应用计算机的计算功能来计算分子三维结构，所基于的理论计算大体有3种：量子化学，分子力学和分子动力学。 量子化学：应用量子力学的原理和方法研究分子的微观结构，是研究分子结构和性质的最重要的方法之一。 分子力学：又称为立场方法，是基于经典牛顿力学方程的一种计算分子的平衡结构和能量的方法。 分子动力学：是基于经典牛顿力学的又一种分子模拟方法。 量子化学和分子力学都用于研究分子结构，二者的主要区别在于：量子化学主要处理对象为电子，其运动服从量子力学规律；而分子力学是经验力场模型，以原子为质点，服从经典力学运动规律。 与分子力学不同，分子动力学求解的是随时间变化的分子的状态、行为和过程。 依据这些定义，可以解答你的问题：分子力学需要牛顿运动方程 分子力学和分子动力学均不需要求解电子的波函数。 |
3楼2008-03-07 21:20:18
4楼2008-03-08 17:07:51
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没有用过VASP，但看起软件介绍如下： VAMP/VASP is a package for performing ab-initio quantum-mechanical molecular dynamics (MD) using pseudopotentials and a plane wave basis set. The approach implemented in VAMP/VASP is based on a finite-temperature local-density approximation (with the free energy as variational quantity) and an exact evaluation of the instantaneous electronic ground state at each MD-step using efficient matrix diagonalization schemes and an efficient Pulay mixing. These techniques avoid all problems occurring in the original Car-Parrinello method which is based on the simultaneous integration of electronic and ionic equations of motion. The interaction between ions and electrons is described using ultrasoft Vanderbilt pseudopotentials (US-PP) or the projector augmented wave method (PAW). Both techniques allow a considerable reduction of the necessary number of plane-waves per atom for transition metals and first row elements. Forces and stress can be easily calculated with VAMP/VASP and used to relax atoms into their instantaneous groundstate. 主要是应用QM和MM相结合的方法，一般QM/MM模型把体系分三部分，即量子力学区域，分子力学区域和交叉区域。各区域用各自算法，引入分子力学的处理方法主要是为了简化计算而已 |
5楼2008-03-20 12:38:52
6楼2008-03-20 13:07:14
7楼2008-03-20 13:49:43
