| 查看: 3514 | 回复: 9 | ||||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | ||||
zhuimeng08银虫 (正式写手)
|
[交流]
gromacs 用GPU版本 跑动力学 已有2人参与
|
|||
| gromacs 用GPU版本 跑动力学 能否给我传一份md.mdp文件！我这一直报错！很奇怪 |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 MDs-Gromacs |
» 猜你喜欢
271材料工程求调剂
已经有5人回复
-
281求调剂（0805）
已经有16人回复
-
304求调剂
已经有6人回复
-
材料工程专硕调剂
已经有6人回复
-
一志愿天大材料与化工（085600）总分338
已经有4人回复
-
085700资源与环境308求调剂
已经有3人回复
-
求材料调剂
已经有8人回复
-
294求调剂材料与化工专硕
已经有5人回复
-
一志愿华中科技大学，080502，354分求调剂
已经有4人回复
-
一志愿吉林大学材料学硕321求调剂
已经有6人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 跑完Gromacs的动力学模拟之后的轨迹文件.trr里面没有内容，为什么？
已经有4人回复
- Namd， Gromacs 可以计算分子中电荷分布随时间的变化吗？
已经有4人回复
- 薄膜在lammps条件下的谐振
已经有5人回复
zhuimeng08
银虫 (正式写手)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 1381.8
- 散金: 153
- 红花: 2
- 帖子: 435
- 在线: 276小时
- 虫号: 1254053
- 注册: 2011-04-03
- 专业: 药物化学
4楼2014-04-22 19:34:22
水儿CoCo
木虫 (小有名气)
- 应助: 12 (小学生)
- 金币: 2597.7
- 红花: 7
- 帖子: 120
- 在线: 96.8小时
- 虫号: 2718708
- 注册: 2013-10-12
- 性别: MM
- 专业: 药物化学
★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
月只蓝: 金币+5, 感谢分享。 2014-04-22 20:38:21
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
月只蓝: 金币+5, 感谢分享。 2014-04-22 20:38:21
|
; Run parameters integrator = md ; leap-frog integrator nsteps = 500000000 ; 2 * 500000000 = 1000000 ps (1000 ns) dt = 0.002 ; 2 fs ; Output control nstxout = 2500000 ; nstvout = 2500000 ; nstenergy = 5000 ; save energies every 10 ps nstlog = 5000 ; update log file every 10 ps nstxtcout = 5000 ; write .xtc trajectory every 10 ps energygrps = Protein_HEM CLA ; Bond parameters continuation = yes ; first dynamics run constraint_algorithm = lincs ; holonomic constraints constraints = all-bonds ; all bonds (even heavy atom-H bonds) constrained lincs_iter = 1 ; accuracy of LINCS lincs_order = 4 ; also related to accuracy ; Neighborsearching ns_type = grid ; search neighboring grid cells nstlist = 5 ; 10 fs rlist = 0.9 ; short-range neighborlist cutoff (in nm) rcoulomb = 0.9 ; short-range electrostatic cutoff (in nm) rvdw = 1.4 ; short-range van der Waals cutoff (in nm) ; Electrostatics coulombtype = PME ; Particle Mesh Ewald for long-range electrostatics pme_order = 4 ; cubic interpolation fourierspacing = 0.16 ; grid spacing for FFT ; Temperature coupling tcoupl = V-rescale ; modified Berendsen thermostat tc-grps = Protein_HEM_CLA Water_and_ions ; two coupling groups - more accurate tau_t = 0.1 0.1 ; time constant, in ps ref_t = 300 300 ; reference temperature, one for each group, in K ; Pressure coupling pcoupl = Parrinello-Rahman ; pressure coupling is on for NPT pcoupltype = isotropic ; uniform scaling of box vectors tau_p = 2.0 ; time constant, in ps ref_p = 1.0 ; reference pressure, in bar compressibility = 4.5e-5 ; isothermal compressibility of water, bar^-1 ; Periodic boundary conditions pbc = xyz ; 3-D PBC ; Dispersion correction DispCorr = EnerPres ; account for cut-off vdW scheme ; Velocity generation gen_vel = no ; assign velocities from Maxwell distribution 有些参数自己修改吧 |
2楼2014-04-22 16:11:57
zhuimeng08
银虫 (正式写手)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 1381.8
- 散金: 153
- 红花: 2
- 帖子: 435
- 在线: 276小时
- 虫号: 1254053
- 注册: 2011-04-03
- 专业: 药物化学
3楼2014-04-22 18:33:30
水儿CoCo
木虫 (小有名气)
- 应助: 12 (小学生)
- 金币: 2597.7
- 红花: 7
- 帖子: 120
- 在线: 96.8小时
- 虫号: 2718708
- 注册: 2013-10-12
- 性别: MM
- 专业: 药物化学
5楼2014-04-22 19:51:58
