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wdaobin

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[求助] 新手求助一个quantum-espresso的使用问题! 已有1人参与

我编写了一个Grephene结构优化的代码,quantum-espresso运行的时候没有提示错误,程序一直在运行但也没有任何输出,代码如下所示:
&CONTROL
calculation =’relax’,
restart_mode=’from_scratch’,
pseudo_dir = "/usr/share/espresso/pseudo",
outdir = "/home/wangdb/Workspaces/QE/graphene",
/
&SYSTEM
ibrav = 4,
celldm(1) = 4.64117D0,
celldm(3) = 12.2149837D0,
nat = 2,
ntyp = 1,
ecutwfc = 60,
occupations = "smearing",
smearing = ’fermi-dirac’,
degauss = 0.02,
/
&ELECTRONS
conv_thr = 1.D-8,
mixing_beta = 0.3D0,
/
&IONS
ion_dynamics = "bfgs",
pot_extrapolation = "atomic",
/
ATOMIC_SPECIES
C 12.0107 C.pbe-van_bm.UPF
ATOMIC_POSITIONS
C 0.0000000 0.0000000 0.000000
C 0.0000000 0.67735027 0.000000
K_POINTS automatic
30 30 1 1 1 1

后来又试着运行程序自带的例子,结果输出如下错误:
MPI_ABORT was invoked on rank 0 in communicator MPI_COMM_WORLD with errorcode 0.NOTE: invoking MPI_ABORT causes Open MPI to kill all MPI processes.You may or may not see output from other processes, depending onexactly when Open MPI kills them.

刚开始用QE,不知道如何处理,请大家帮忙,谢谢!
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wdaobin

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引用回帖:
10楼: Originally posted by liqizuiyang at 2014-05-07 22:24:08
QE-5.0.2对应帮助文档中SYSTEM下没有do_ee和nelec这两个参数。

另外nelec这个参数看上去应该是整数。

另外“ATOMIC_SPECIES
N  1.00  N.pbe-paw_kj.UPF”
原子符号后面那个数字为相对原子质量,N接近于14.

谢谢您!我按照您的方法修改了一下,现在已经没有read namelist错误了。但是我使用了:
&IONS
ion_dynamics = "bfgs",
pot_extrapolation = "atomic",
以后,有报错了:
from bfgs : error #         1
      step_old is NOT normalized
把bfgs下的那些参数都定义了,也不管用,正在纠结中!
13楼2014-05-09 15:04:00
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mywai520

铁杆木虫 (著名写手)


【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
wdaobin: 金币+3, 有帮助, 3Q 2014-05-05 11:50:42
wdaobin: 金币+2, 有帮助, 3Q 2014-05-05 11:51:27
MPI_ABORT was invoked on rank 0 in communicator MPI_COMM_WORLD with errorcode 0.NOTE: invoking MPI_ABORT causes Open MPI to kill all MPI processes.
从这里来看是编译程序上的问题,mpi出现了问题,你可以先测试一下,用自带的例子。
2楼2014-04-22 00:25:29
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wdaobin

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引用回帖:
2楼: Originally posted by mywai520 at 2014-04-22 00:25:29
MPI_ABORT was invoked on rank 0 in communicator MPI_COMM_WORLD with errorcode 0.NOTE: invoking MPI_ABORT causes Open MPI to kill all MPI processes.
从这里来看是编译程序上的问题,mpi出现了问题,你可以 ...

我是在Debian上用sudo直接安装的,后来装了个openmpi-bin,然后运行quantum-espresso自带的例子就出现如下错误:
MPI_ABORT was invoked on rank 0 in communicator MPI_COMM_WORLD with errorcode 0.NOTE: invoking MPI_ABORT causes Open MPI to kill all MPI processes.You may or may not see output from other processes, depending onexactly when Open MPI kills them.
3楼2014-04-22 22:23:04
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mywai520

铁杆木虫 (著名写手)


引用回帖:
3楼: Originally posted by wdaobin at 2014-04-22 22:23:04
我是在Debian上用sudo直接安装的,后来装了个openmpi-bin,然后运行quantum-espresso自带的例子就出现如下错误:
MPI_ABORT was invoked on rank 0 in communicator MPI_COMM_WORLD with errorcode 0.NOTE: invok ...

Debian? 那不如ubuntu了。也是debian的包。
这个肯定是安装的错误,这里无法给出确切的回答。情况复杂,需要你自己自己去看看安装说明,尤其是你的openmpi

你要程序并行,你必须先安装openmpi,然后用openmpi去编译pwscf.但是你先装了,然后mpi ,这肯定不行。从你信息中只能看出这点。
4楼2014-04-22 22:53:08
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