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在线检查CIF文件出现的A类错误
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我在线检查CIF文件出现了A类错误:No _chemical_absolute_configuration info given . ? 请问是什么意思,可以修改好吗? |
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seasedoctor
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August827
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wewejimmy(金币+2,VIP+0):谢谢
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给你份东西，说不定对你有帮助。 关于CIF检测中出现的A,B等类错误的说明，共8份----1-3 关于CIF检测中出现的A,B等类错误的说明，共8份-1 一般分为8类，分别为： # _0xx - general # _1xx - cell/symmetry # _2xx - adp-related # _3xx - intra geometry # _4xx - inter geometry # _5xx - coordination geometry # _6xx - void tests # _7xx – various test 下面我们分几次把问题的简要说明翻译成献给大家，希望能对您有所帮助！ _201 检测分子结构主体中各向同性的非氢原子，各向同性在通常的精修中并不常用，只是在处理无序是才用到。 _202 检测溶剂分子或阴离子中各向同性的非氢原子 _211 检测主体分子的NPD ADP's 。检测主体分子中各相异性参数中负值部分 _212 检测溶剂或阴离子分子的NPD ADP's 。检测溶剂或阴离子分子中各相异性参数中负值部 _213 主体分子中ADP maximum/minimum 比例检测，较大的值意味着无序没有处理。 _214 溶剂或阴离子中ADP maximum/minimum 比例检测，较大的值意味着无序没有处理。 _220 检测主体结构非氢原子Ueq(max)/Ueq(Min)范围。对比平常之大的比值发出警报。太高或太低的值表明原子可能定错(i.e. Br versus Ag) _221 检测非主体结构非氢原子Ueq(max)/Ueq(Min)范围。对比平常之大的比值发出警报 _222 检测主体结构氢原子Ueq(max)/Ueq(Min)范围。对比平常之大的比值发出警报 _223 检测非主体结构氢原子Ueq(max)/Ueq(Min)范围。对比平常之大的比值发出警报 _230, _233 : Hirschfield 刚性键检查。相近化学特征的原子应具有相同程度的各相异性参数，无序或过度精修可能会导致 大小不一。原子的错误判定也会有这样的结果。DELREF 技术 (e.g.DIFABS, SHELXA, XABS2) 校正的数据通常对含重原子 的键有较大的 DELU 值 _241, _242 检测相对于相邻原子过高或过低的U(eq)值。原子的U(eq) 值会被拿去与所有非氢原子的平均U(eq)去比较， 如果值太大，可能是原子定错了。 _013 : 检测报告与衍射范围和数据的完整度 _020 : 检测 R(int)。R(int)最好小于0.1。但是基于非常有限数量的平均数据的R(int) 没什么意义 _021 : 检查 观测衍射数目/期望数目的比值 期待数目对应于劳埃群的不对称单元中的数目。对于中心对称的结构，期望币值为小于或等于1.0;对于非中心对称结构则小于2。超过这些数据可能是：对称性消光没有从观测数据中消除或采用过多的数据进行精修 _022 :检测完整度，检测报道的独立衍射点与期望的给定的分辨率 _023 : Check θmax。检测分辨率。当sin (θ)/λ <0.6时，发布警告。 _024 : 检测优化的平均Friedel 对。对于含有比硅轻的原子的MoKa 数据，平均Friedel 对是优先的。SHELXL97 精修中采用MERG 4。 _025 : 检查 h,k,l范围 _026 : 检查弱点，检查2σ以上的独立数据的衍射是否充分 _030 检测精修的消光参数是否有意义，检测它的值是否明显大于相应的s.u。如果不是，这个参数应从结构模型精修中删除。目前默认值为3.33 s.u _032 检测Flack 参数的S.U. _033 检测Flack参数偏离零的程度，即检查绝对构型的正确性。 _040 检查化合物中碳原子上是否有氢原子 _041 比较报道的与计算的总分子式Compare the Reported and Calculated Sum Formula _042 比较报道的与计算的残基分子式Compare the reported and Calculated Moiety Formula _043 比较报道的和计算的分子量Compare Reported and Calculated Molecular Weight _044 比较报道的和计算的分子量密度 _045 比较报道的和计算的Z值 _046 检测报道的Z, MW, D(calc) 是否一致 _050 检测给出的mu值 _051 测试报道的和计算的mu 的差别。 _052 测试吸收校正方法的条件 _053 测试晶体尺寸最小值xtal_dimension_min的条件 _054 测试晶体尺寸中间值 _055 测试晶体尺寸最大值 _056 检测晶体半径Test for specification xtal_radius _057 检测必需的吸收校正Test for absorption correction needed _058 检测规定的最大透过率Tmax _059 检测规定的最小透过率Tmin _060 RR Test _061 RR' Test _062 Rescale Tmin & Tmax _063 测试晶体尺寸最小的一个尺寸应远大于采用的Xray束。例外的情况是使用β滤波器和足够大的准直仪。 _064 Test for T(max) .GE. T(min) _065 检测（半）经验吸收校正的应用情况est for applicability of (semi-)empirical abs.corr. _070 检测原子标签的重复情况Test for duplicate atom labels _071 检测是否有无法解释的标签 _080 检测最大的漂移/误差 比值 maximum shift/error _081 检测给出的漂移/误差 比值Test for maximum shift/error given _082 检测合理的R1 值 _084 检测合理的 R2值 R2 一般是基于F2精修出的R1的两倍 _086, _087 检测合理的 S 值 _088 检测合理的Data / parameter 比值 (中心对称) _089检测合理的Data / parameter 比值(非中心对称) _095 检测给出的最大残余密度 _096 检测给出的最大残余密度 _097检测给出的最大残余密度 _098检测给出的最小残余密度 _099检测给出的小于0的最小残余密度 _410, _413 : 检测分子键或分子内短程的H----H相互作用。当对称性错误的时候，空间群错误时（偏低或偏高） 按照错误的对称操作衍生出来的原子上的氢原子本应不存在，这是就可能会产生果断的相互作用。短程分子内 作用可能源于H原子被放错误计算出来的原子上。也有可能是标志着分子位于不合适的点操作上而造成错的错误 （比如 2代替了“-1”），当忽略晶胞转换时常发生。短相互作用用1.2A的范德华半径来表示，对分子间弱相互作 用警报发生于距离短于2.4A。对分子内来说，警报值发生在小于2.0A。这种警报对团簇构型很有意义，尤其是 当氢原子按照理想位置参与计算时 _412 & _413报告CH3 H-atoms的相互作用，这些氢最好采用理论计算方法获取。 _416 : 检测 分子内D-H .. H-D 作用。主要与放错位置的无序有关 _417 : 检测 分子间D-H .. H-D 作用。主要与放错位置的无序有关 _420 : 检测 D-H 没有受体用通常的氢键标准判断，氢键受体必须潜在。对OH和常见的 -NH and -NH2很少有例 外。通常出现的错误是：A common -OH 上氢键指向有误。. _430 : 检测 D..A 距离。通常在D..A距离小于范德华半径之和减去0.2时，会警报。 _431 : 检测 Hl...D 距离，检测与卤素有关的分子间的距离 _432 : 检测分子间距离 |
4楼2008-03-11 08:21:49