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wanglixia815

新虫 (正式写手)

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9楼: Originally posted by wanglixia815 at 2014-04-21 14:06:11
我的引物是别人告诉我的,目的基因的名称?我知道引物序列,知道我要从spruce的菌根里提取DNA鉴别菌根的种类?怎么知道目的基因的?feichang感谢...

ITS fragment
(ITS1 + 5.8 + ITS2) is about 550-850 bp.这是我目的片段的名称吗?
有点矛盾。有点纠结
11楼2014-04-21 17:19:28
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XOooZzz

银虫 (小有名气)

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11楼: Originally posted by wanglixia815 at 2014-04-21 17:19:28
ITS fragment
(ITS1 + 5.8 + ITS2) is about 550-850 bp.这是我目的片段的名称吗?...

对。
看看its的说明吧:
http://en.wikipedia.org/wiki/Internal_transcribed_spacer
先搞懂你要做的是什么实验。然后才会知道要怎么做实验。
12楼2014-04-21 18:21:05
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yichunh

木虫 (正式写手)

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可以用引物序列去NCBI里面blast,应该就能搜出目的基因及片段大小,你最后PCR扩出来后最好测个序再确定一下~
13楼2014-04-21 18:37:54
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wanglixia815

新虫 (正式写手)

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13楼: Originally posted by yichunh at 2014-04-21 18:37:54
可以用引物序列去NCBI里面blast,应该就能搜出目的基因及片段大小,你最后PCR扩出来后最好测个序再确定一下~

en,知道了 谢谢了 我好像知道的我的目的片段了,这个就是我的目的片段的名称把?(ITS1 + 5.8 + ITS2) is about 550-850 bp
有点矛盾。有点纠结
14楼2014-04-21 19:33:57
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wanglixia815

新虫 (正式写手)

引用回帖:
13楼: Originally posted by yichunh at 2014-04-21 18:37:54
可以用引物序列去NCBI里面blast,应该就能搜出目的基因及片段大小,你最后PCR扩出来后最好测个序再确定一下~

(ITS1 + 5.8 + ITS2) is about 550-850 bp,
ITS1F        90        CTTGGTCATTTAGAGGAAGTAA        ITS        fwd
ITS4        40        TCCTCCGCTTATTGATATGC        ITS        rev
怎么查啊?我今天试了 没有出来呀 能说得详细点 吗 谢谢了
有点矛盾。有点纠结
15楼2014-04-22 01:17:48
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wangweijian

金虫 (小有名气)

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你把你要查的菌英文名+ITS1,菌英文名+ITS2就可以查到了
16楼2014-04-22 16:32:21
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yichunh

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

我不太清楚可不可以直接把上下游引物一起blast,但是笨方法我试了一下,就是用blast里面的nucleotide blast先把你上游引物序列输入进去,找到你的IST1,我搜了一下,有的,然后把IST1的序列调出来,用DNAMAN之类的软件查找你的上下游引物,确定片段大小~
17楼2014-04-23 09:11:46
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凌枫miracle

新虫 (正式写手)

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NCBI先确认下基因片段大小,当然你的引物设计也很重要,反应体系温度注意同引物一致,在之后的跑胶需注意选择合理的Marker!做实验,务必了解实验对象属性、反应条件参数等等,good luck for you!

[ 发自小木虫客户端 ]
18楼2014-04-23 13:34:37
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