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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » PCR相关 » 如何确定自己的目的片段 PCR 痛苦中
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wanglixia815

新虫 (正式写手)
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9楼: Originally posted by wanglixia815 at 2014-04-21 14:06:11
我的引物是别人告诉我的，目的基因的名称？我知道引物序列，知道我要从spruce的菌根里提取DNA鉴别菌根的种类？怎么知道目的基因的？feichang感谢...

ITS fragment
(ITS1 + 5.8 + ITS2) is about 550-850 bp.这是我目的片段的名称吗？
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有点矛盾。有点纠结
11楼2014-04-21 17:19:28
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XOooZzz

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

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11楼: Originally posted by wanglixia815 at 2014-04-21 17:19:28
ITS fragment
(ITS1 + 5.8 + ITS2) is about 550-850 bp.这是我目的片段的名称吗？...

对。
看看its的说明吧：
http://en.wikipedia.org/wiki/Internal_transcribed_spacer
先搞懂你要做的是什么实验。然后才会知道要怎么做实验。
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12楼2014-04-21 18:21:05
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yichunh

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
可以用引物序列去NCBI里面blast，应该就能搜出目的基因及片段大小，你最后PCR扩出来后最好测个序再确定一下~
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13楼2014-04-21 18:37:54
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wanglixia815

新虫 (正式写手)
引用回帖:
13楼: Originally posted by yichunh at 2014-04-21 18:37:54
可以用引物序列去NCBI里面blast，应该就能搜出目的基因及片段大小，你最后PCR扩出来后最好测个序再确定一下~

en，知道了 谢谢了 我好像知道的我的目的片段了，这个就是我的目的片段的名称把？(ITS1 + 5.8 + ITS2) is about 550-850 bp
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有点矛盾。有点纠结
14楼2014-04-21 19:33:57
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wanglixia815

新虫 (正式写手)
引用回帖:
13楼: Originally posted by yichunh at 2014-04-21 18:37:54
可以用引物序列去NCBI里面blast，应该就能搜出目的基因及片段大小，你最后PCR扩出来后最好测个序再确定一下~

(ITS1 + 5.8 + ITS2) is about 550-850 bp,
ITS1F        90        CTTGGTCATTTAGAGGAAGTAA        ITS        fwd
ITS4        40        TCCTCCGCTTATTGATATGC        ITS        rev
怎么查啊？我今天试了 没有出来呀 能说得详细点 吗 谢谢了
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有点矛盾。有点纠结
15楼2014-04-22 01:17:48
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wangweijian

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

你把你要查的菌英文名+ITS1，菌英文名+ITS2就可以查到了
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16楼2014-04-22 16:32:21
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yichunh

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

我不太清楚可不可以直接把上下游引物一起blast，但是笨方法我试了一下，就是用blast里面的nucleotide blast先把你上游引物序列输入进去，找到你的IST1，我搜了一下，有的，然后把IST1的序列调出来，用DNAMAN之类的软件查找你的上下游引物，确定片段大小~
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17楼2014-04-23 09:11:46
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凌枫miracle

新虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
NCBI先确认下基因片段大小，当然你的引物设计也很重要，反应体系温度注意同引物一致，在之后的跑胶需注意选择合理的Marker！做实验，务必了解实验对象属性、反应条件参数等等，good luck for you！

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18楼2014-04-23 13:34:37
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