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Nocturne

木虫 (正式写手)

[求助] 有没有人熟悉Platon-Squeeze啊 已有1人参与

我在论坛里看了几乎Squeeze计算的帖子，还是有些问题不明白。我有个晶体（空间群I-4, Z=8).，算了下得出下列的结果
(N: Total Potential Solvent Accessible Void Vol ..................   623.0 Ang^3)s
(N: Electron Count / Cell =     50 - To be included in D\(calc\), F000 & Mol.Wght.)s
(=======================================================
sqf文件为
# SQUEEZE RESULTS (APPEND TO CIF)
loop_
  _platon_squeeze_void_nr
  _platon_squeeze_void_average_x
  _platon_squeeze_void_average_y
  _platon_squeeze_void_average_z
  _platon_squeeze_void_volume
  _platon_squeeze_void_count_electrons
         1     0.000     0.000     0.500       9.4       0.4
         2     0.000     0.500     0.246     298.5      24.5
         3     0.500     0.000     0.702     298.5      24.5
         4     0.500     0.500     0.000       9.4       0.4
_platon_squeeze_details
; ?
;
想问下H2O（电子数是10），怎么算出里面的水分子数目呢？24.5/10+24.5/10=4.9 吗？
如果是其他的iso-PrOh啥的如何算啊，是根据电子数目还是viods的体积呢？
谢谢！
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1楼 2014-04-16 00:10:15
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lin_twins

荣誉版主 (文坛精英)

不提供晶体解析服务

优秀版主

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
Nocturne: 金币+10, ★★★很有帮助, 3x 2014-04-16 22:56:12
Nocturne: 金币+10 2014-04-16 22:58:52
Nocturne: 金币+10 2014-05-29 20:26:21
感觉按照体积估算好一些，残余电子如果删点之类的话，算出来的不够。
这个squeeze是按照最低对称性的P1算出来的，直接除以10不行的
赞一下 回复此楼
记忆像是掌心里的水，不论你摊开还是紧握，终究还是会从指缝中一滴一滴流淌干净。
2楼2014-04-16 08:46:50
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Nocturne

木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by lin_twins at 2014-04-16 01:46:50
感觉按照体积估算好一些，残余电子如果删点之类的话，算出来的不够。
这个squeeze是按照最低对称性的P1算出来的，直接除以10不行的

好久不见，兄台，



我觉得也是该按viods的体积算，有个数据完整度不够，最后只算出了5个电子，但是viods的体积还是能精准的算出来. 你的意思说是
Viod体积除以单个客体分子的体积吧

btw,你知道咋算单个水分子或者甲醇分子的体积吗？谢谢
赞一下 回复此楼
3楼2014-04-16 22:58:28
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lin_twins

荣誉版主 (文坛精英)

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优秀版主

【答案】应助回帖

Voids of 40 Ang*3 may accommodate H2O
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记忆像是掌心里的水，不论你摊开还是紧握，终究还是会从指缝中一滴一滴流淌干净。
4楼2014-04-17 20:18:57
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Nocturne

木虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by lin_twins at 2014-04-17 13:18:57
Voids of 40 Ang*3 may accommodate H2O

谢谢！
你的意思是说40A3以上的空洞，水分子就有可能进去吗？能粗略知道多少水分子么？不会是结合TGA啥的分析吧

我在Fourier peaks 看到残余峰比较大，加进去一个水分子精修，但是温度因子比较大，所以有点不是很确定啊
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5楼2014-04-17 21:03:55
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lin_twins

荣誉版主 (文坛精英)

不提供晶体解析服务

优秀版主
引用回帖:
5楼: Originally posted by Nocturne at 2014-04-17 21:03:55
谢谢！
你的意思是说40A3以上的空洞，水分子就有可能进去吗？能粗略知道多少水分子么？不会是结合TGA啥的分析吧

我在Fourier peaks 看到残余峰比较大，加进去一个水分子精修，但是温度因子比较大，所以有 ...

最好结合元素和TGA，但是有可能客体会跑掉，这个也不一定很准
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记忆像是掌心里的水，不论你摊开还是紧握，终究还是会从指缝中一滴一滴流淌干净。
6楼2014-04-18 08:51:36
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