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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 如何在linux系统服务器中查看material studio计算结果
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shangshui123

新虫 (职业作家)

[求助] 如何在linux系统服务器中查看material studio计算结果 已有2人参与

笔记本坏了，平常计算任务是用笔记本远程提交到linux系统服务器上的，想从服务器上查看之前计算结果，不知怎么查，包括全部结果，谢谢
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1楼 2014-04-11 11:37:08
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卡开发发

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★
fzx2008: 金币+1, 谢谢回帖！ 2014-04-12 19:31:20
...../Accelrys/MaterialsStudioX0/etc/Gateway/root_default/dsd/jobs/任务的PID/
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3楼2014-04-11 13:27:25
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普通回帖

shangshui123

新虫 (职业作家)
我都看过，但没有说这个的，谢谢你
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2楼2014-04-11 12:47:20
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shangshui123

新虫 (职业作家)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 卡开发发 at 2014-04-11 13:27:25
...../Accelrys/MaterialsStudioX0/etc/Gateway/root_default/dsd/jobs/任务的PID/

这个我知道但里边只有文本信息，怎么查看图形呢，之前都没有保存，有没有啥办法呢
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4楼2014-04-11 17:20:30
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卡开发发

专家顾问 (著名写手)

Ab Initio Amateur
★
fzx2008: 金币+1, 谢谢回帖！ 2014-04-12 19:31:29
引用回帖:
4楼: Originally posted by shangshui123 at 2014-04-11 17:20:30
这个我知道但里边只有文本信息，怎么查看图形呢，之前都没有保存，有没有啥办法呢...

这个直接看没办法，如果你用的是castep或者dmol3（这两种输出文件我还算了解，也许onetep也行），那么可以将*.castep以及*.outmol中的lattice vector和atomic position拷贝下来，改写成cif格式或是其他格式，再通过MS导回。
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5楼2014-04-11 17:33:54
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shangshui123

新虫 (职业作家)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 卡开发发 at 2014-04-11 17:33:54
这个直接看没办法，如果你用的是castep或者dmol3（这两种输出文件我还算了解，也许onetep也行），那么可以将*.castep以及*.outmol中的lattice vector和atomic position拷贝下来，改写成cif格式或是其他格式，再通过 ...

这个怎么导呢，另外找不到lattice vector，只找到了最后的原子坐标，能不能以一个图看看呢，就是保存的文件内容
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6楼2014-04-11 20:09:19
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卡开发发

专家顾问 (著名写手)

Ab Initio Amateur
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shangshui123(fzx2008代发): 金币+3 2014-04-12 19:32:12
比如：       Lattice parameters(A)       Cell Angles
                    a =    5.878494          alpha =  106.400158
                    b =    5.878494          beta  =  106.400158
                    c =    5.878494          gamma =  115.805137

            xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx
            x  Element    Atom        Fractional coordinates of atoms  x
            x            Number           u          v          w      x
            x----------------------------------------------------------x
            x  O            1         0.511200   1.325000   1.186200   x
            x  O            2         1.138800   0.325000  -0.186200   x
            x  O            3         2.075000   0.388800   1.313800   x
            x  O            4         0.075000   1.761200  -0.313800   x
            x  O            5         0.611200  -0.075000  -0.313800   x
            x  O            6         0.238800   0.925000   1.313800   x
            x  O            7         1.675000   0.861200   2.186200   x
            x  O            8        -1.325000  -0.511200  -1.186200   x
            x  V            1         0.500000   1.500000   1.000000   x
            x  V            2         2.250000   0.750000   1.500000   x
            x  Yb           1        -0.250000   1.250000   0.500000   x
            x  Yb           2         2.000000   1.000000   2.000000   x
            xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx

靠这信息转格式吧，其他也没啥办法了。把这些内容改写成pdb或是其他的格式。另外，计算成功后产生的check文件有可能其他程序能够打开，但是怎么处理我不了解。
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7楼2014-04-11 21:18:39
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shangshui123

新虫 (职业作家)
我就是把原子的坐标全部复制后保存为cif格式，但是导不出来，为什么呢，您导过吗，我的不是晶胞，所以就没有晶向参数
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8楼2014-04-11 22:34:09
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卡开发发

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franch: 金币+2, 谢谢回帖交流。。。 2014-04-14 21:31:20
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8楼: Originally posted by shangshui123 at 2014-04-11 22:34:09
我就是把原子的坐标全部复制后保存为cif格式，但是导不出来，为什么呢，您导过吗，我的不是晶胞，所以就没有晶向参数

不是晶胞？你计算的模块是Dmol3 ，那么把原子坐标写成*.xyz或者*.pdb会比较合适。
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9楼2014-04-12 13:03:56
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shangshui123

新虫 (职业作家)
引用回帖:
9楼: Originally posted by 卡开发发 at 2014-04-12 13:03:56
不是晶胞？你计算的模块是Dmol3 ，那么把原子坐标写成*.xyz或者*.pdb会比较合适。...

我这就是XYZ,类似这个  
                      Input Coordinates (Angstroms)
          ----------------------------------------------------------------------
               ATOM               X                   Y                   Z
            1    C             2.693834           -1.253686            0.174196
            2    C             2.262810           -2.532202            0.899784
            3    O             4.012905           -0.906854            0.608575
            4    O             2.888802           -2.865661            1.906916
            5    C            -0.072338           -4.632982           -1.438005
            6    C            -0.176595           -5.933733           -0.638884
            7    C             1.143986           -6.669425           -0.546591
            8    C             2.363025           -6.029560           -0.827521
            9    C             2.416480           -4.609433           -1.343502
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10楼2014-04-12 19:04:59
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