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pigrass

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伊卡斯特的小猪

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[交流] 【建模基础】三层Ni原子已有3人参与

大学时做的毕业课题是分子模拟的，高分子晶体，当时在MS的建模方面重点学了下晶体、高分子链和坐标计算

前几天一个人给我看了篇文献的结构，我感觉很有趣，就试着做了下，以此为例写写自己的建模思路，希望对新来的有帮助

相关文献：百度文库搜索 《An extended defect in graphene as a metallic wire》

PS：目前文献没有全部看完，还有很多地方不懂，所以结构也只做了一半

——————正文开始——————
关键词：make P1、supercell、坐标计算、定位原子、move to

建立3层Ni

1、导入MS自带的graphite结构 #原Ni的结构与石墨烯近似，所以在石墨烯的结构上改#
2、build-symmetry-make P1，删除一层原子 #建立奇数层C原子#
3、修改C原子properties的fractional Z为0.5
4、选择build supercell 4*4*3，可以查看三层原子的Z分别为0.833，0.5，0.166，后面有用
5、现在是建立了3层C，为了便于区别，可以选定一层C原子，右键display style设定颜色

6、区别于石墨烯，Ni原子是菱形周期，需要删除部分原子。为避免误操作，选择第二第三层C原子，右键display style，atom display style为none
7、根据文献，第一层Ni原子位置很容易确定

8、第二层Ni原子位于第一层 Ni菱形上半部分正三角形的几何中心，也很容易剔除多余原子得到第二层Ni原子的位置

9、第三层Ni原子位于第一层 Ni菱形下半部分正三角形的几何中心，取下半部分正三角形三点的XY坐标（0.6666，0.0833）（0.9166，0.3333）（0.9166，0.0833）做平均值，加上第三层的Z坐标，得到（0.8333，0.1666，0.1666）

10、add atom，选S作为定位原子，输入坐标（0.8333，0.1666，0.1666），删除多余C-S化学键

11、选择第三层原子，右键select fragment，点击move to按钮，单击第三层任意一个原子，再单击S原子。删除S原子 #将第三层原子按两次单击的向量平移#

12、根据文献剔除多余原子

13、右键空白处display style-ball and stick显示所有三层C原子，lattice display style为in-cell
14、全选C原子，properties中的element symbol修改为Ni
17、最后，可以修改display style的ball radius区分不同层的球半径，lattice range的A、B为5、5，lattice的line为none