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关于PDB中的低聚蛋白数据注释 已有1人参与
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关于PDB数据库中的低聚体数据，怎么区分低聚体是软件合成的还是作者实验合成的？ 比如： 1）有的PDB结构（比如4EA3）表示是Homo 2-mer - A2，下载后打开看也是二聚体的形式，但是网页注释（右上方）又表明这个Biological assembly 1 generated by PISA (software)。那么这个PDB低聚体数据是由作者做实验得到的呢，还是说作者合成的是单体，但是通过PISA软件合成了它的低聚体晶体形式。这个PDB结构数据算不算真实存在的低聚体晶体结构？ 2）有的PDB结构(2ycy)表示是Monomer，但是下载后得到的却是二聚体的形式，下边解释表明Biological assembly 1 generated by PISA (software)。那么是不是说作者得到的是单体的晶体结构，但是通过PISA软件合成了它的低聚体。那么这个PDB结构数据算不算真实存在的低聚体晶体结构？ 3）如果PDB（2Y01）的注释是Biological assembly 1 assigned by authors，那么意思是作者实验得到的真是存在的低聚体晶体结构？ 4）还是说从PDB中得到的数据都是实验得到的晶体结构？ 非常感谢。。。。这些不了解，就没法进行低聚体数据收集。。。。。  问题2图.jpg  该下载哪个PDB数据呢?.jpg  问题1图.jpg  问题3图.jpg |
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简单的说，按照惯例PDB里面的structure显示的是asymmetric unit/Unit cell 的structure, 而一个biological assembly (the functional form of a protein)它的结构跟晶体状态中的结构不太一样。 a biological assembly may be built from: one copy of the asymmetric unit multiple copies of the asymmetric unit a portion of the asymmetric unit References: protein structure determination part in http://pdbwiki.org/wiki/Biological_unit http://www.rcsb.org/pdb/101/stat ... html#Anchor-BioUnit |
4楼2014-04-09 15:24:39
【答案】应助回帖
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感谢参与，应助指数 +1
李菲琦: 金币+20, ★有帮助 2014-04-09 15:06:20
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李菲琦: 金币+20, ★有帮助 2014-04-09 15:06:20
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首先声明其实我也不太懂,下面是我的理解谨供参考。 Biological assembly assigned by authors 是作者提供的，Biological assembly generated by PISA (software) 是软件预测的。 它提供了很多个assembly, 同一个assembly可能是作者提供的可能是软件预测的，也可能是两者共同的。 还有我感觉你搞混了PDB structure 和 biological assembly。一个protein的PDB structure 可能由多条链组成，而biological assembly 看的是biological condition 下多少个protein assemble 在一起然后to be functional. 至于下载那个格式然你软件支持哪种格式了呗。 |
2楼2014-04-07 18:30:27
3楼2014-04-09 15:05:50
5楼2014-04-11 10:24:39
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