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李菲琦

新虫 (初入文坛)

[求助] 关于PDB中的低聚蛋白数据注释 已有1人参与

关于PDB数据库中的低聚体数据，怎么区分低聚体是软件合成的还是作者实验合成的？
比如：
1）有的PDB结构（比如4EA3）表示是Homo 2-mer - A2，下载后打开看也是二聚体的形式，但是网页注释（右上方）又表明这个Biological assembly 1 generated by PISA (software)。那么这个PDB低聚体数据是由作者做实验得到的呢，还是说作者合成的是单体，但是通过PISA软件合成了它的低聚体晶体形式。这个PDB结构数据算不算真实存在的低聚体晶体结构？
2）有的PDB结构(2ycy)表示是Monomer，但是下载后得到的却是二聚体的形式，下边解释表明Biological assembly 1 generated by PISA (software)。那么是不是说作者得到的是单体的晶体结构，但是通过PISA软件合成了它的低聚体。那么这个PDB结构数据算不算真实存在的低聚体晶体结构？
3）如果PDB（2Y01）的注释是Biological assembly 1 assigned by authors，那么意思是作者实验得到的真是存在的低聚体晶体结构？
4）还是说从PDB中得到的数据都是实验得到的晶体结构？

非常感谢。。。。这些不了解，就没法进行低聚体数据收集。。。。。

关于PDB中的低聚蛋白数据注释
问题2图.jpg


关于PDB中的低聚蛋白数据注释-1
该下载哪个PDB数据呢?.jpg


关于PDB中的低聚蛋白数据注释-2
问题1图.jpg


关于PDB中的低聚蛋白数据注释-3
问题3图.jpg
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1楼 2014-04-07 16:37:01
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白水游鱼

金虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
李菲琦: 金币+20, ★有帮助 2014-04-09 15:06:20
首先声明其实我也不太懂,下面是我的理解谨供参考。
Biological assembly assigned by authors 是作者提供的，Biological assembly generated by PISA (software) 是软件预测的。 它提供了很多个assembly, 同一个assembly可能是作者提供的可能是软件预测的，也可能是两者共同的。 还有我感觉你搞混了PDB structure 和 biological assembly。一个protein的PDB structure 可能由多条链组成，而biological assembly 看的是biological  condition 下多少个protein assemble 在一起然后to be functional.
至于下载那个格式然你软件支持哪种格式了呗。
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2楼2014-04-07 18:30:27
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李菲琦

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 白水游鱼 at 2014-04-07 18:30:27
首先声明其实我也不太懂,下面是我的理解谨供参考。
Biological assembly assigned by authors 是作者提供的，Biological assembly generated by PISA (software) 是软件预测的。 它提供了很多个assembly, 同一个as ...

能否再清楚解释一下biological asembly 与PDB structure？怎样正确使用这两种数据？
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3楼2014-04-09 15:05:50
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白水游鱼

金虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 李菲琦 at 2014-04-09 15:05:50
能否再清楚解释一下biological asembly 与PDB structure？怎样正确使用这两种数据？...

简单的说，按照惯例PDB里面的structure显示的是asymmetric unit/Unit cell 的structure, 而一个biological assembly (the functional form of a protein)它的结构跟晶体状态中的结构不太一样。 a biological assembly may be built from:
one copy of the asymmetric unit
multiple copies of the asymmetric unit
a portion of the asymmetric unit
References: protein structure determination part in http://pdbwiki.org/wiki/Biological_unit
http://www.rcsb.org/pdb/101/stat ... html#Anchor-BioUnit
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4楼2014-04-09 15:24:39
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李菲琦

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 白水游鱼 at 2014-04-09 15:24:39
简单的说，按照惯例PDB里面的structure显示的是asymmetric unit/Unit cell 的structure, 而一个biological assembly (the functional form of a protein)它的结构跟晶体状态中的结构不太一样。 a biological assem ...

好像搞明白了。。。那如果是一个同源二聚体的话，应该看asymmetric unit呢，还是biological assembly？
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5楼2014-04-11 10:24:39
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白水游鱼

金虫 (初入文坛)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 李菲琦 at 2014-04-11 10:24:39
好像搞明白了。。。那如果是一个同源二聚体的话，应该看asymmetric unit呢，还是biological assembly？...

那得看这个同源二聚体是不是functional form 吧
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6楼2014-04-11 20:02:32
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