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肖祖平

金虫 (小有名气)

[求助] 晶体解析 已有1人参与

解结构时遇到问题

晶体解析
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jackdeng

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10楼: Originally posted by 肖祖平 at 2014-04-20 13:34:03
您好!我想问一下下列依次都表示是什么意思
Fe1    5   0.39840   0.27024   0.87606  11.00000   0.02333   0.02188 =
       0.03639   0.00179  -0.00357  -0.00139
不胜感激!...

从前至后依次是原子,原子的顺序号,坐标x,y,z,占有率,最后的六个是Uij,用以确定椭球的六个不同取向。
11楼2014-04-20 17:39:10
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jackdeng

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15楼: Originally posted by 肖祖平 at 2014-04-23 13:45:10
我看很多文献会说,所有原子都处于一般位置,这是什么意思?什么时候原子会处于特殊位置呢?...

特殊位置是通过其原子坐标和占有率确定的,比如原子坐标中有0, 0.5,025,0.75等数值是就是特殊位置,此时后面对应的占有率会体现出该原子的特殊位置是什么,比如10.25,说明其处于四重轴。
16楼2014-04-23 15:15:25
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jackdeng

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21楼: Originally posted by 肖祖平 at 2014-05-04 16:07:13
如果我就按照仪器所给的单胞录个7、8个小时,这样录完的结果会好吗?R值会很大吗?谢谢!这样的结构录完会不会解不出来。...

这个要看具体情况,可能会出现R值大的问题,如果晶体质量够好的话应该没什么问题。
23楼2014-05-04 21:23:52
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jackdeng

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22楼: Originally posted by 肖祖平 at 2014-05-04 19:30:43
再问一下,我按照你说的,每选一幅图进行指标化,就会出来一个单胞参数,最后选三幅图又出来一个单胞参数,相当于总共可能有4个单胞参数,那这几个单胞参数该怎么选择呢?不胜感激!...

选靠谱的,通常情况下选择对称性高且单胞体积小的那个。
24楼2014-05-04 21:24:34
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jackdeng

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感谢参与,应助指数 +1
问题没看明白,不过从图上看,两个R值均大于0.1,表明数据很差或者是空间群定的不对,不介意的话,可以贴上你的ins文件我看看,或者发到我邮箱也可以,jackdeng_2001@163.com
2楼2014-04-06 19:13:18
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肖祖平

金虫 (小有名气)

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2楼: Originally posted by jackdeng at 2014-04-06 19:13:18
问题没看明白,不过从图上看,两个R值均大于0.1,表明数据很差或者是空间群定的不对,不介意的话,可以贴上你的ins文件我看看,或者发到我邮箱也可以,jackdeng_2001@163.com

数据是挺不好的,录完的R值18,数据不好有什么办法改变吗,我试过低温也还是这样,你说如果用Cu靶会好点不,不过我们学校只有Mo靶!
3楼2014-04-06 20:46:32
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jackdeng

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数据不好的主要原因是晶体本身造成的,恐怕通过改变衍射分析的方法效果是不太明显的,虽然铜靶衍射需要的晶体可以小一些,但是也得是好质量的晶体,因此,最好是重新培养单晶,控制生长速度。
4楼2014-04-06 20:57:21
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肖祖平

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4楼: Originally posted by jackdeng at 2014-04-06 20:57:21
数据不好的主要原因是晶体本身造成的,恐怕通过改变衍射分析的方法效果是不太明显的,虽然铜靶衍射需要的晶体可以小一些,但是也得是好质量的晶体,因此,最好是重新培养单晶,控制生长速度。

我有个问题想问你,有的时候扫参的时候,点很少,但接受率很高,只有低角度有点,这种情况该不该往下录,录完之后的结果是不是也不会好??
5楼2014-04-09 13:09:02
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jackdeng

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★ ★ ★ ★ ★
肖祖平: 金币+5, ★★★很有帮助 2014-04-09 20:53:55
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5楼: Originally posted by 肖祖平 at 2014-04-09 13:09:02
我有个问题想问你,有的时候扫参的时候,点很少,但接受率很高,只有低角度有点,这种情况该不该往下录,录完之后的结果是不是也不会好??...

晶体的收录是综合考量的,需要参照的指标很多,首先要排除无机盐或有机小分子的可能性(通常从衍射点的多少和体系的大小判断),其次,衍射点的分布,看是不是孪晶或多晶,第三,看指标化率(accurancy)是不是很高(有时候高的指标化率也不一定代表准确的晶胞参数,我录晶体近十年了,碰到不少这样的问题),第四,看衍射点强度高不高,因为衍射点强度在一定程度上决定了晶体收录的时间,时间越长,对于某些晶体而言,在X光的长时间照射下会发生变化,比如风化等现象。你说的点很少,考虑是不是无机盐或是有机小分子。
6楼2014-04-09 15:37:45
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6楼: Originally posted by jackdeng at 2014-04-09 15:37:45
晶体的收录是综合考量的,需要参照的指标很多,首先要排除无机盐或有机小分子的可能性(通常从衍射点的多少和体系的大小判断),其次,衍射点的分布,看是不是孪晶或多晶,第三,看指标化率(accurancy)是不是很高 ...

应该不是无机盐,单胞很大,但晶体比较小,衍射强度也不高,晶体小是不是也会影响晶体的衍射点,还有,想我这种情况应该怎么办?
7楼2014-04-09 22:15:50
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7楼: Originally posted by 肖祖平 at 2014-04-09 22:15:50
应该不是无机盐,单胞很大,但晶体比较小,衍射强度也不高,晶体小是不是也会影响晶体的衍射点,还有,想我这种情况应该怎么办?...

如果单胞很大,而且衍射强度不高的话,即使录出来了,数据也不会太好,建议重新培养大的单晶体。如果实在想录的话,可以增加曝光时间试试。
8楼2014-04-10 07:51:48
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肖祖平

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8楼: Originally posted by jackdeng at 2014-04-10 07:51:48
如果单胞很大,而且衍射强度不高的话,即使录出来了,数据也不会太好,建议重新培养大的单晶体。如果实在想录的话,可以增加曝光时间试试。...

thank!
9楼2014-04-10 11:02:58
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8楼: Originally posted by jackdeng at 2014-04-10 07:51:48
如果单胞很大,而且衍射强度不高的话,即使录出来了,数据也不会太好,建议重新培养大的单晶体。如果实在想录的话,可以增加曝光时间试试。...

您好!我想问一下下列依次都表示是什么意思
Fe1    5   0.39840   0.27024   0.87606  11.00000   0.02333   0.02188 =
       0.03639   0.00179  -0.00357  -0.00139
不胜感激!
10楼2014-04-20 13:34:03
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