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xiaotianh

捐助贵宾 (小有名气)

[求助] 序列比对 已有2人参与

现在做的一个序列比对,blast结果是下面这个:

Query  108   GCTGGCATGTTAATTCCCATAGCAAAGGTCTCCGTGGCAAATAAGGCCTTTATCAATCCT  167
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  1744  GCTGGCATGTTAATTCCCATAGCAAAGGTCTCCGTGGCAAATAAGGCCTTTATCAATCCT  1685

Query  168   TCAGAAAAGAGAATTTCTATAGTTTCTTTCAAAATAGGAAGTAAACCACCATGGTGAATA  227
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  1684  TCAGAAAAGAGAATTTCTATAGTTTCTTTCAAAATAGGAAGTAAACCACCATGGTGAATA  1625
有谁能解释一下为什么会是sbjct的序列号是反过来的?(我已经问过测序公司,用的是正向引物。)谢谢!
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whitewave

至尊木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
首先你确定你用目标基因在genebank之类下载的编码链?如果这样正向引物肯定是和模板链结合总不能跟自己模板链结合吧,如果新人你看下生化书!测序你就当一次PCR,当然测出来就那个模板链,就是你说的跟人家公布的编码链反的!

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
天生我才
3楼2014-04-05 12:08:57
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jms_guan

专家顾问 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
一个是正向测序,一个是反向测序,暂时只知道这些,我也遇到了,正在沟通测序公司,问原因,回复了我在来和你解释!
正在学习搞科研
2楼2014-04-03 22:27:35
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