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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 医学 » 基础 » 序列比对
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xiaotianh

捐助贵宾 (小有名气)

[求助] 序列比对 已有2人参与

现在做的一个序列比对，blast结果是下面这个：

Query  108   GCTGGCATGTTAATTCCCATAGCAAAGGTCTCCGTGGCAAATAAGGCCTTTATCAATCCT  167
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  1744  GCTGGCATGTTAATTCCCATAGCAAAGGTCTCCGTGGCAAATAAGGCCTTTATCAATCCT  1685

Query  168   TCAGAAAAGAGAATTTCTATAGTTTCTTTCAAAATAGGAAGTAAACCACCATGGTGAATA  227
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  1684  TCAGAAAAGAGAATTTCTATAGTTTCTTTCAAAATAGGAAGTAAACCACCATGGTGAATA  1625
有谁能解释一下为什么会是sbjct的序列号是反过来的？（我已经问过测序公司，用的是正向引物。）谢谢！
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1楼 2014-04-03 17:04:47
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jms_guan

专家顾问 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
一个是正向测序，一个是反向测序，暂时只知道这些，我也遇到了，正在沟通测序公司，问原因，回复了我在来和你解释！
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正在学习搞科研
2楼2014-04-03 22:27:35
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whitewave

至尊木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
首先你确定你用目标基因在genebank之类下载的编码链？如果这样正向引物肯定是和模板链结合总不能跟自己模板链结合吧，如果新人你看下生化书！测序你就当一次PCR，当然测出来就那个模板链，就是你说的跟人家公布的编码链反的！

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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天生我才
3楼2014-04-05 12:08:57
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