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science2008

木虫 (正式写手)

[求助] 已知蛋白质一级结构,推测二级,三级结构的软件 有那些?

已知蛋白质一级结构,推测二级,三级结构的软件 有那些?

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power5111

金虫 (正式写手)

3楼2008-02-28 10:54:15
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zyzll2008

至尊木虫 (文坛精英)

快乐虫

蛋白质结构预测寻找某种蛋白质的空间结构,首先应该查询蛋白质数据库 HPDB 或 PDB,即查询是否已经有人做过该蛋白质的空间结构测定。 HPDB 或 PDB 中只存储至今人们已知其空间结构的蛋白质,数量占生物体中存在的各种蛋白质的很小部分。由于资金和技术等方面的问题,人们尚不知道许多蛋白质的空间结构。 对于这些蛋白质,结构预测是获得其空间结构的很好办法。

       如果已经拥有蛋白质一级结构序列,无论是由蛋白质测序仪直接测定得到氨基酸序列,或是由基因序列通过遗传密码翻译推测得到氨基酸序列,都可以利用蛋白质结构预测软件(服务)对该蛋白质的三维结构进行预测。 尽管预测本身有一定风险,但总比一无所知要好得多。蛋白质结构预测技术已经取得了很大进步,每种预测方法都是根据特定的规则进行合理的预测 ,具有一定的可信度。

       目前预测蛋白质结构的方法可分为三大类:

       同源建模——目标序列与模板序列比较,按照模板序列的空间结构,经过优化,产生目标序列三维结构;
 
       折叠识别——预测二级结构,预测折叠方式,参考其它蛋白的空间结构,产生目标序列三维结构;
 
       从无到有——单个氨基酸形成二级结构的倾向,加上各种作用力力场信息,直接产生目标序列三维结构。
同源建模方法目前被认为是最精确的方法。同源性大于50%时,结果比较可靠;30~50%之间, 其结果需要参考其它蛋白的信息。同源性小于30%时,人们一般采用折叠识别方法。同源性更小时,从无到有法更有效。

       希望上述内容对你有帮助!
→条条大路通罗马←
2楼2008-02-28 08:49:30
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