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yujia5038

铁杆木虫 (小有名气)

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[资源] HyperChem软件中Script的常用语句注解

HyperChem软件中Script的常用语句注解

1. 计算方法及参数设定
calculation-method item 计算方法设定
item: MolecularMechanics, SemiEmpirical, AbInitio, DFT
molecular-mechanics-method item 分子力学方法设定
item: mm+, amber, bio+, opls, amber94, charmm22, tndo
optim-max-cycles x 优化最大迭代次数x设定
optim-convergence goal 优化收敛目标goal设定
optim-converged返回是否收敛(true/false)
optim-algorithm item 优化算法设定
item: PolakRibiere, NewtonRaphson, etc.
assign-basisset item abinitio计算基组设定
item: 3-21G, STO-3G, etc.
semi-empirical-method item 半经验计算方法设定
item: am1, pm3, extendedhuckel, cndo, indo, zindos, mndod, tndo, etc.
accelerate-scf-convergence true/false 是否加速SCF收敛
scf-convergence goal SCF收敛目标goal设定
max-iterations n SCF计算的最大迭代次数n设定
2. 计算结果输出
omsgs-to-file filename 将信息输出到filename文件
append-omsgs-to-file filename 将信息追加到filename文件
omsgs-not-to-file 关闭输出文件
query-response-has-tag yes/no 提取的信息回显开关
query-value HSV 提取系统数据结构中的信息并单行输出
HSV: current-file-name, coordinates,
dipole-moment, dipole-moment-components
total-energy, heat-of-formation,
scf-binding-energy, scf-core-energy, scf-electronic-energy
start-logging HyperChem运行记录开启
stop-logging HyperChem运行记录关闭
export-property-file filename 将分子轨道信息写入filename文件
3. 分子结构及其文件操作
file-format item 定义分子结构文件格式
item: hin, mol, zmt, ent, skc, xyz, ml2
open-file filename 读入filename分子结构文件
write-file filename 将分子结构写入filename文件
menu-build-add-hydrogens 给分子加氢
menu-build-model-build 给分子加氢并规格化
do-optimization 进行优化操作
do-single-point 进行单点计算
do-molecular-dynamics进行分子动力学操作
4. 屏幕显示设置
screen-refresh-period n 屏幕刷新周期
atom-labels item 原子标识设定
item: none, number, symbol, name, charge, etc.
show-hydrogens yes/no 分子中氢显示开关
show-multiple-bonds yes/no分子中重键显示开关
request string 弹出窗口并显示由双引号表达的字符串string
5. 其它
read-script filename 读取名为filename的script文件
exit-script 退出script

实例: example.scr
calculation-method molecular-mechanics
molecular-mechanics-method mm+
optim-max-cycles 2048
optim-convergence 0.1
optim-algorithm PolakRibiere
omsgs-to-file results.txt
query-response-has-tag no
file-format mol
open-file 000A-0001.mol
menu-build-model-build
do-optimization
query-value total-energy
file-format zmt
write-file 000A-0001.zmt
omsgs-not-to-file
exit-script

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