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HyperChem软件中Script的常用语句注解
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HyperChem软件中Script的常用语句注解 1. 计算方法及参数设定 calculation-method item 计算方法设定 item: MolecularMechanics, SemiEmpirical, AbInitio, DFT molecular-mechanics-method item 分子力学方法设定 item: mm+, amber, bio+, opls, amber94, charmm22, tndo optim-max-cycles x 优化最大迭代次数x设定 optim-convergence goal 优化收敛目标goal设定 optim-converged返回是否收敛(true/false) optim-algorithm item 优化算法设定 item: PolakRibiere, NewtonRaphson, etc. assign-basisset item abinitio计算基组设定 item: 3-21G, STO-3G, etc. semi-empirical-method item 半经验计算方法设定 item: am1, pm3, extendedhuckel, cndo, indo, zindos, mndod, tndo, etc. accelerate-scf-convergence true/false 是否加速SCF收敛 scf-convergence goal SCF收敛目标goal设定 max-iterations n SCF计算的最大迭代次数n设定 2. 计算结果输出 omsgs-to-file filename 将信息输出到filename文件 append-omsgs-to-file filename 将信息追加到filename文件 omsgs-not-to-file 关闭输出文件 query-response-has-tag yes/no 提取的信息回显开关 query-value HSV 提取系统数据结构中的信息并单行输出 HSV: current-file-name, coordinates, dipole-moment, dipole-moment-components total-energy, heat-of-formation, scf-binding-energy, scf-core-energy, scf-electronic-energy start-logging HyperChem运行记录开启 stop-logging HyperChem运行记录关闭 export-property-file filename 将分子轨道信息写入filename文件 3. 分子结构及其文件操作 file-format item 定义分子结构文件格式 item: hin, mol, zmt, ent, skc, xyz, ml2 open-file filename 读入filename分子结构文件 write-file filename 将分子结构写入filename文件 menu-build-add-hydrogens 给分子加氢 menu-build-model-build 给分子加氢并规格化 do-optimization 进行优化操作 do-single-point 进行单点计算 do-molecular-dynamics进行分子动力学操作 4. 屏幕显示设置 screen-refresh-period n 屏幕刷新周期 atom-labels item 原子标识设定 item: none, number, symbol, name, charge, etc. show-hydrogens yes/no 分子中氢显示开关 show-multiple-bonds yes/no分子中重键显示开关 request string 弹出窗口并显示由双引号表达的字符串string 5. 其它 read-script filename 读取名为filename的script文件 exit-script 退出script 实例: example.scr calculation-method molecular-mechanics molecular-mechanics-method mm+ optim-max-cycles 2048 optim-convergence 0.1 optim-algorithm PolakRibiere omsgs-to-file results.txt query-response-has-tag no file-format mol open-file 000A-0001.mol menu-build-model-build do-optimization query-value total-energy file-format zmt write-file 000A-0001.zmt omsgs-not-to-file exit-script |
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