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lishuying89

金虫 (小有名气)

[求助] tinker运行错误,求帮忙解决,严重感谢! 已有1人参与

tinker在最后运行的时候总是提示 readxyz--check connection of atom 6254 to atom 6300,是什么情况呀?怎么解决?

tinker运行错误,求帮忙解决,严重感谢!
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lishuying89

金虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by emanyemail at 2014-03-31 23:15:08
提示的很明显呀,便是让你看看xyz文件中后面那些原子的链接性是否存在问题。你用记事本一类的程序把你要读取到*.xyz文件打开看看即可。

我估计可能是计算机觉得你的原子不是连在一起的,所以比较困惑。

为了验 ...

您好,请问我怎么找出原子间到底是哪里出了链接问题,如何改正呢?我是在MS里搭好模型,然后转化成XYZ文件,再用tinker计算的,是我的模型搭的不合理吗?谢谢啦
3楼2014-04-01 18:27:58
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emanyemail

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流! 2014-04-01 08:40:13
提示的很明显呀,便是让你看看xyz文件中后面那些原子的链接性是否存在问题。你用记事本一类的程序把你要读取到*.xyz文件打开看看即可。

我估计可能是计算机觉得你的原子不是连在一起的,所以比较困惑。

为了验证你的readxyz程序是否正常,你可以试试官方网站上给的test和example文件夹下的坐标文件。
2楼2014-03-31 23:15:08
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emanyemail

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
月只蓝: 金币+3, 鼓励交流! 2014-04-02 16:50:24
lishuying89: 金币+10, ★★★很有帮助, 谢谢啦~~~ 2014-04-03 08:52:20
引用回帖:
3楼: Originally posted by lishuying89 at 2014-04-01 18:27:58
您好,请问我怎么找出原子间到底是哪里出了链接问题,如何改正呢?我是在MS里搭好模型,然后转化成XYZ文件,再用tinker计算的,是我的模型搭的不合理吗?谢谢啦...

tinker 的xyz文件是独有的,使用MS直接转换要保证没问题才行。

建议使用tinker自带的子程序pdbxyz来转换。

这是一个简单的tinker中文手册,或许对你有所帮助:

http://wenku.baidu.com/link?url= ... t852yx-f0tMOTwLKWlG
4楼2014-04-02 14:14:39
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