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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 专家会诊 » tinker运行错误，求帮忙解决，严重感谢！
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lishuying89

金虫 (小有名气)

[求助] tinker运行错误，求帮忙解决，严重感谢！ 已有1人参与

tinker在最后运行的时候总是提示 readxyz--check connection of atom 6254 to atom 6300,是什么情况呀？怎么解决？

tinker运行错误，求帮忙解决，严重感谢！
IMG_20140331_185647.jpg
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1楼 2014-03-31 19:46:08
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emanyemail

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-04-01 08:40:13
提示的很明显呀，便是让你看看xyz文件中后面那些原子的链接性是否存在问题。你用记事本一类的程序把你要读取到*.xyz文件打开看看即可。

我估计可能是计算机觉得你的原子不是连在一起的，所以比较困惑。

为了验证你的readxyz程序是否正常，你可以试试官方网站上给的test和example文件夹下的坐标文件。
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2楼2014-03-31 23:15:08
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lishuying89

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by emanyemail at 2014-03-31 23:15:08
提示的很明显呀，便是让你看看xyz文件中后面那些原子的链接性是否存在问题。你用记事本一类的程序把你要读取到*.xyz文件打开看看即可。

我估计可能是计算机觉得你的原子不是连在一起的，所以比较困惑。

为了验 ...

您好，请问我怎么找出原子间到底是哪里出了链接问题，如何改正呢？我是在MS里搭好模型，然后转化成XYZ文件，再用tinker计算的，是我的模型搭的不合理吗？谢谢啦
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3楼2014-04-01 18:27:58
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emanyemail

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
月只蓝: 金币+3, 鼓励交流！ 2014-04-02 16:50:24
lishuying89: 金币+10, ★★★很有帮助, 谢谢啦~~~ 2014-04-03 08:52:20
引用回帖:
3楼: Originally posted by lishuying89 at 2014-04-01 18:27:58
您好，请问我怎么找出原子间到底是哪里出了链接问题，如何改正呢？我是在MS里搭好模型，然后转化成XYZ文件，再用tinker计算的，是我的模型搭的不合理吗？谢谢啦...

tinker 的xyz文件是独有的，使用MS直接转换要保证没问题才行。

建议使用tinker自带的子程序pdbxyz来转换。

这是一个简单的tinker中文手册，或许对你有所帮助：

http://wenku.baidu.com/link?url= ... t852yx-f0tMOTwLKWlG
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4楼2014-04-02 14:14:39
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