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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 构建超级晶胞后运行不了，提示两步之间能量差过大
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terry_well

荣誉版主 (知名作家)

笑熬浆糊——满脑浆糊

优秀版主优秀版主

[求助] 构建超级晶胞后运行不了，提示两步之间能量差过大 已有2人参与

各位前辈，
        我是新手，最近在做几种气体如CH2O在聚合物中的扩散模拟。比如我构建了PIB高分子+DOS塑化剂+CH2O的三元体系（分子数之比为4/6/8），各个分子结构如附图所示。每个分子都Minimizer了。构建晶胞后再次Minimizer。运行的是508K+0.001GPa下的NPT系综（NVE和NVT都试过不行）。不知道问题出在哪里？请高手指一条明路。谢谢！

构建超级晶胞后运行不了，提示两步之间能量差过大
CH2O.jpg
构建超级晶胞后运行不了，提示两步之间能量差过大-1
DOS.jpg
构建超级晶胞后运行不了，提示两步之间能量差过大-2
Polyisobutene.jpg
构建超级晶胞后运行不了，提示两步之间能量差过大-3
PIB-DOS-CH2O.jpg
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签名:英文名“Terry”,EC版专用；中文名“浆糊哥”，灌水专用，谢谢合作！
1楼 2014-03-30 05:39:17
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terry_well

荣誉版主 (知名作家)

笑熬浆糊——满脑浆糊

优秀版主优秀版主
引用回帖:
2楼: Originally posted by smutao at 2014-03-30 06:15:43
试试先固定体系的一部分
再做minimization

谢谢，请问具体怎么选择固定的部分呢？只是部分原子不动还是部分官能团或者分子不动？
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签名:英文名“Terry”,EC版专用；中文名“浆糊哥”，灌水专用，谢谢合作！
3楼2014-03-30 16:08:26
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smutao

禁虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
terry_well: 金币+5, ★★★很有帮助, 请再次帮忙 2014-03-30 16:08:49
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-03-31 17:04:41
本帖内容被屏蔽
2楼2014-03-30 13:15:43
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terry_well

荣誉版主 (知名作家)

笑熬浆糊——满脑浆糊

优秀版主优秀版主
引用回帖:
2楼: Originally posted by smutao at 2014-03-30 06:15:43
试试先固定体系的一部分
再做minimization

刚才试了，把整个DOS分子固定都不行。但是如果只构建PIB和CH2O按照10:8的比例，运行就没有问题(试了500ps）。
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签名:英文名“Terry”,EC版专用；中文名“浆糊哥”，灌水专用，谢谢合作！
4楼2014-03-30 16:44:15
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月只蓝

主管区长 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
terry_well: 金币+5, ★有帮助 2014-03-31 00:56:24
discover more设置汇把 最大能量差设置得大一些，比如50,000或者100,000
赞一下 回复此楼
MATLAB、MS小问题、普通问题请发帖求助！时间精力有限，恕不接受无偿私信求助。
5楼2014-03-30 16:48:38
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