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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 请各位虫友帮忙看看这样的结果有没有收敛
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skywyy2011

新虫 (正式写手)

[求助] 请各位虫友帮忙看看这样的结果有没有收敛 已有4人参与

rt，图1是温度随时间变化曲线，图中温度波动比较厉害，我想问这正常么？如何降低温度的波动幅度呢？缩小time step？还是要修改Nose里面的那个参数Q？图2是我的一些设置参数，图3是最终得到的结果（请问我想知道体系最终的势能，应该时选择final呢还是average呢？）谢谢各位大牛了

请各位虫友帮忙看看这样的结果有没有收敛
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请各位虫友帮忙看看这样的结果有没有收敛-1
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请各位虫友帮忙看看这样的结果有没有收敛-2
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天道酬勤
1楼 2014-03-23 10:15:25
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zhuhy1116

新虫 (初入文坛)
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 应助指数-1, 鼓励参与讨论，但非应助，请勿选择应助回帖！ 2014-03-24 19:10:20
你这是用MS算的？什么模块？
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2楼2014-03-23 21:25:09
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tawfischer

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
skywyy2011: 金币+5, ★★★很有帮助 2014-03-24 11:06:44
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-03-24 19:10:25
建议把时间拉长一些，前面一段是找平衡的，体系在不断的优化中，取后面阶段的平均值是可以的。
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3楼2014-03-23 22:02:13
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huachao90

禁虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
skywyy2011: 金币+3, ★有帮助 2014-03-24 11:08:39
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-03-24 19:10:32
本帖内容被屏蔽
4楼2014-03-24 00:39:07
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skywyy2011

新虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by zhuhy1116 at 2014-03-23 21:25:09
你这是用MS算的？什么模块？

forcite
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天道酬勤
5楼2014-03-24 11:01:26
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skywyy2011

新虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by tawfischer at 2014-03-23 22:02:13
建议把时间拉长一些，前面一段是找平衡的，体系在不断的优化中，取后面阶段的平均值是可以的。

嗯，好的，那在计算平均值的时候程序会也将一开始时间内的数据也考虑进去么？因为一开始的数据波动比较大，如果考虑进去的话是不是会引入误差？
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天道酬勤
6楼2014-03-24 11:06:24
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skywyy2011

新虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by huachao90 at 2014-03-24 00:39:07
你结束，然后选择继续跑restart就能看到温度和能量波动大小更显著了

继续跑就能看到波动更显著？可是波动越大不是说明体系越不平衡么？那这是不是意味着我算错了？
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天道酬勤
7楼2014-03-24 11:08:27
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huachao90

禁虫 (正式写手)
★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-03-25 20:37:41
本帖内容被屏蔽
8楼2014-03-25 01:14:52
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skywyy2011

新虫 (正式写手)
引用回帖:
8楼: Originally posted by huachao90 at 2014-03-25 01:14:52
restart确实能看出来温度到底平衡与否的，首先建议你看看文献温度波动在什么范围内的有的说5k 还有你的是平衡体系还是费平衡体系的，平衡体系与你的初始条件无关的，但是非平衡是有关的
...

如何判断是否是平衡体系？我的是建好模型后直接优化，然后再跑的动力学

[ 发自小木虫客户端 ]
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天道酬勤
9楼2014-03-25 12:04:46
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huachao90

禁虫 (正式写手)
★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-03-25 20:37:55
本帖内容被屏蔽
10楼2014-03-25 13:28:00
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