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zjnu_yc

银虫 (小有名气)

[求助] 求助LAMMPS两次运算结果不一致问题! 已有1人参与

本人打算采用LAMMPS计算高聚物的导热系数,由于是新手,首先按照LAMMPS例子里面的IN文件进行了练习(文件路径:LAMMPSExampleKAPPAin.heat),运算结果与所提供的参照结果比较吻合。而考虑到将来我的研究对象是复杂的高聚物体系,应该要用到MS来建模,为了先探探路,于是先将上述in.heat文件内描述的模型应用MS进行建模,建好模型后在Discover模块进行设置(energy里面选择compass),随后typing,并顺利导出、转换成LAMMPS所能识别的data文件(只有选择了compass才能顺利导出,后来在data文件中修改了pair_coeff)。
     我碰到的问题是:从MS-->LAMMPS的方法计算结果仅为参照结果的一半(即按照LAMMPS例子中提供的in文件的计算结果)。我仔细对比过MS产生data文件与LAMMPS提供的in文件的设置,关于模型的参数(如原子数目、pair_style、pair_coeff、Mass等参数均相同),以及后续对物理过程的处理代码都是相同的,可是就是结果差别太大。(附上两次运算的LOG文件,其中Neighs数字有较大区别)
      特请这方面经验丰富的朋友帮忙出出主意,或者提点宝贵意见,先感谢啦!@oxox6085@smutao
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ysshj

金虫 (小有名气)

★ ★ ★ ★ ★
月只蓝: 金币+5, 感谢指导 2014-04-13 09:28:51
引用回帖:
11楼: Originally posted by zjnu_yc at 2014-04-12 11:58:28
您好!您能将您发给我的 in.hydrogen 和 hydrogen.data文件完整运行一下吗?(不只是弛豫部分,包括后面的run),我想比较下最终的结果与例子是否接近。我的机子上一直运行不了,我现在又出现了新的问题(见附件LO ...

调试的话还是把in文件和data文件也发一下吧。
你用的什么版本的lammps?

logMS2与logMS的in文件相比,改动:

lattice                fcc ${rho}
region          hot block INF INF INF INF 0 1
region          cold block  INF INF INF INF 9.5 11

1 units lj下尺寸换算有点闹心,我不习惯。但是涉及尺寸的命令很可能影响结果。
2 可以把data文件里的原子z坐标都加0.470517500,再改in文件试试。

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  • 附件 1 : log.lammps
  • 2014-04-12 18:55:37, 7.14 K
  • 附件 2 : logMS.lammps
  • 2014-04-12 18:55:38, 7.05 K
  • 附件 3 : logMS2.lammps
  • 2014-04-12 20:55:49, 7.54 K
一个人要像一支队伍。
12楼2014-04-12 20:58:42
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ysshj

金虫 (小有名气)

我想看看什么情况,没看到LOG文件。
一个人要像一支队伍。
2楼2014-04-02 17:10:32
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zjnu_yc

银虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by ysshj at 2014-04-02 17:10:32
我想看看什么情况,没看到LOG文件。

您好!我重新上传附件(其中log.MS为利用MS创建模型产生的数据文件的计算结果),请帮我分析分析,谢谢!

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  • 附件 1 : Logfiles.rar
  • 2014-04-04 09:21:30, 5.67 K
3楼2014-04-04 09:22:42
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ysshj

金虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by zjnu_yc at 2014-04-04 09:22:42
您好!我重新上传附件(其中log.MS为利用MS创建模型产生的数据文件的计算结果),请帮我分析分析,谢谢!...

就是想见识一下,我碰到好多结果莫名其妙变化的情况了。
E_pair那项感觉很奇怪,log.MS里上来是0。
pair_coeff确定一样吗?要不把你做的data文件也来一份。
一个人要像一支队伍。
4楼2014-04-04 18:06:54
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