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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 蛋白序列与其它物种的一致性较低，说明什么问题？
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chenxiang29

银虫 (正式写手)

[求助] 蛋白序列与其它物种的一致性较低，说明什么问题？ 已有2人参与

我获得了一个新蛋白的基因序列，发现其成熟肽与其它物种一致性最高仅为36%，请问这能说明什么问题呢？谢谢
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smile to the world
1楼 2014-03-21 19:57:28
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yixuanwin

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
西门吹雪170: 金币+2, 鼓励回帖交流 2014-03-22 19:29:33
1/   其他物种是指？  近缘 、 非近缘？ 多大尺度的近缘？

2  测序结果和蛋白注释确定无误？

3、 基因序列翻译成蛋白，有多种可能。尝试检验。

4  如果GenBank比对结果不好，去专业的数据库比对

完毕。
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2楼2014-03-22 00:18:12
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lihe131

至尊木虫 (文坛精英)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
30%以上就可以归为一个家族了，36%不算低了。
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3楼2014-03-22 10:07:08
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chenxiang29

银虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by yixuanwin at 2014-03-22 00:18:12
1/   其他物种是指？  近缘 、 非近缘？ 多大尺度的近缘？

2  测序结果和蛋白注释确定无误？

3、 基因序列翻译成蛋白，有多种可能。尝试检验。

4  如果GenBank比对结果不好，去专业的数据库比对

完毕。

1.与genbank中所有物种比对结果一致性最高为36%
2.http://web.expasy.org/translate/ 翻译无误
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smile to the world
4楼2014-03-26 14:27:34
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chenxiang29

银虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by lihe131 at 2014-03-22 10:07:08
30%以上就可以归为一个家族了，36%不算低了。

那再请问一下，有2种蛋白一致性达到80%左右，如何确定其对应的物种具有同源性？
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smile to the world
5楼2014-03-26 14:28:55
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lihe131

至尊木虫 (文坛精英)
引用回帖:
5楼: Originally posted by chenxiang29 at 2014-03-26 14:28:55
那再请问一下，有2种蛋白一致性达到80%左右，如何确定其对应的物种具有同源性？...

一致性指的是同源度吗？好像不能通过两个蛋白质之间的同源度推及所在物种的同源度吧。。。
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6楼2014-03-26 17:54:22
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chenxiang29

银虫 (正式写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by lihe131 at 2014-03-26 17:54:22
一致性指的是同源度吗？好像不能通过两个蛋白质之间的同源度推及所在物种的同源度吧。。。...

一致性与同源性不同，一致性可以用百分数形容，同源性只是定性的描述，只能说有还是没有。貌似没听过同源度哦
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smile to the world
7楼2014-03-26 19:13:46
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