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anchu

新虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
8楼: Originally posted by willjiale at 2015-04-23 12:19:31
那个gene expressing数据在哪里下载 我现在摸不到头脑 谢谢...

In order to download data from TCGA data portal:

1. Connect to https://tcga-data.nci.nih.gov/tcga/
2. Select the cancer subtype you are interested in (i.e breast invasive carcinoma)
3. Select mRNA
4. Now you can see a table where rows are representing different patients.
5. If present select the column (by clicking on header) that referse to RNASeq or RNASeqV2 if it is present for that cancer subtype and then click BUILD archive.
6. Keep in mind that just below the header there is a number indicating the respective data level. Levels 1-4 (https://wiki.nci.nih.gov/display/TCGA/Data+level)
If you need RAW data such as FASTQ files you have find level 1 data, but often this kind of data is not publicly available on TCGA and you might need to ask for permission in order to download it.
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11楼2015-08-31 15:15:06
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xingzhou823

木虫 (正式写手)

五道杠
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
http://wenku.baidu.com/link?url= ... O7J9NHzBL_xnc1QCBRC
链接是一个TCGA的基础培训，可以学习一下
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你，长大了吗？~有目的的希望小木虫不要倒闭
12楼2015-11-12 11:57:05
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喵夫人

铁虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
12楼: Originally posted by xingzhou823 at 2015-11-12 11:57:05
http://wenku.baidu.com/link?url=2n9qdYpaXErM_jJ-o7WbFRpF7kt0FjLPgRbBBxtjaBp2HgG0GsKI7h3ykUmgmRNetxTMcNRBRVKo5aVfirUw4jh3O7J9NHzBL_xnc1QCBRC
链接是一个TCGA的基础培训，可以学习一下

谢谢，很好的资源，已经下下来了！
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13楼2016-04-12 20:00:14
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