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zhangjunpeng至尊木虫 (知名作家)
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[交流]
TCGA数据库的使用交流 已有10人参与
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在生信领域，数据源是非常重要的，毕竟谁也不想感受“巧妇无米之炊”的感觉。随着大数据时代的到来，各种大型生物公共数据库也不断完善，其中就包括The Cancer Genome Atlas （TCGA，https://tcga-data.nci.nih.gov/tcga/tcgaHome2.jsp）数据库。TCGA数据源大部分都是公开的，如何有效的进行收集和预处理是一个头疼的问题。 目前来能够从TCGA数据库中提取数据的处理工具有cBioPortal（http://www.cbioportal.org/public-portal/cgds_r.jsp），ICGC（http://dcc.icgc.org/download/current）和GenePattern（http://www.broadinstitute.org/ca ... tern/download/index）。这些工具使用起来还是有其局限性，都不能够轻易获取每个癌症类型的二维数据矩阵（例如基因为rows，样本为columns）。 因此开此贴，欢迎各位同行虫友交流一下获取TCGA数据库的经验，以及间接获取TCGA数据的工具使用技巧和方法。 |
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 分子生化实验经验积累 |
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In order to download data from TCGA data portal: 1. Connect to https://tcga-data.nci.nih.gov/tcga/ 2. Select the cancer subtype you are interested in (i.e breast invasive carcinoma) 3. Select mRNA 4. Now you can see a table where rows are representing different patients. 5. If present select the column (by clicking on header) that referse to RNASeq or RNASeqV2 if it is present for that cancer subtype and then click BUILD archive. 6. Keep in mind that just below the header there is a number indicating the respective data level. Levels 1-4 (https://wiki.nci.nih.gov/display/TCGA/Data+level) If you need RAW data such as FASTQ files you have find level 1 data, but often this kind of data is not publicly available on TCGA and you might need to ask for permission in order to download it. |
11楼2015-08-31 15:15:06