| 查看: 5475 | 回复: 12 | |||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | |||
zhangjunpeng至尊木虫 (知名作家)
|
[交流]
TCGA数据库的使用交流 已有10人参与
|
||
|
在生信领域，数据源是非常重要的，毕竟谁也不想感受“巧妇无米之炊”的感觉。随着大数据时代的到来，各种大型生物公共数据库也不断完善，其中就包括The Cancer Genome Atlas （TCGA，https://tcga-data.nci.nih.gov/tcga/tcgaHome2.jsp）数据库。TCGA数据源大部分都是公开的，如何有效的进行收集和预处理是一个头疼的问题。 目前来能够从TCGA数据库中提取数据的处理工具有cBioPortal（http://www.cbioportal.org/public-portal/cgds_r.jsp），ICGC（http://dcc.icgc.org/download/current）和GenePattern（http://www.broadinstitute.org/ca ... tern/download/index）。这些工具使用起来还是有其局限性，都不能够轻易获取每个癌症类型的二维数据矩阵（例如基因为rows，样本为columns）。 因此开此贴，欢迎各位同行虫友交流一下获取TCGA数据库的经验，以及间接获取TCGA数据的工具使用技巧和方法。 |
回复此楼» 猜你喜欢
上海工程技术大学张培磊教授团队招收博士生
已经有3人回复
-
上海工程技术大学【激光智能制造】课题组招收硕士
已经有5人回复
-
求助院士们，这个如何合成呀
已经有4人回复
-
临港实验室与上科大联培博士招生1名
已经有9人回复
-
想换工作。大多数高校都是 评职称时 认可5年内在原单位取得的成果吗？
已经有7人回复
-
需要合成515-64-0，50g，能接单的留言
已经有4人回复
-
自荐读博
已经有4人回复
-
写了一篇“相变储能技术在冷库中应用”的论文，论文内容以实验为主，投什么期刊合适？
已经有6人回复
-
带资进组求博导收留
已经有10人回复
-
最近几年招的学生写论文不引自己组发的文章
已经有11人回复
xingzhou823
木虫 (正式写手)
五道杠
- 应助: 24 (小学生)
- 金币: 2391.6
- 散金: 200
- 红花: 7
- 帖子: 789
- 在线: 170.7小时
- 虫号: 2070126
- 注册: 2012-10-18
- 性别: GG
- 专业: 生物信息学
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
|
http://wenku.baidu.com/link?url= ... O7J9NHzBL_xnc1QCBRC 链接是一个TCGA的基础培训，可以学习一下 |
12楼2015-11-12 11:57:05
2楼2014-03-18 22:11:58
zhangjunpeng
至尊木虫 (知名作家)
- 应助: 125 (高中生)
- 金币: 25976.1
- 散金: 3660
- 红花: 51
- 沙发: 20
- 帖子: 8475
- 在线: 2030.2小时
- 虫号: 930914
- 注册: 2009-12-20
- 性别: GG
- 专业: 生物信息学
3楼2014-03-18 22:33:43
scybhmu老谭
木虫 (小有名气)
- 应助: 2 (幼儿园)
- 金币: 3020.1
- 散金: 20
- 帖子: 271
- 在线: 43.6小时
- 虫号: 2120575
- 注册: 2012-11-11
- 专业: 生物信息学
4楼2014-04-12 14:21:03