应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 专业学科区 » 信息科学 » 信息综合 » TCGA数据库的使用交流
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
51/1返回列表
查看: 5718  |  回复: 12
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

zhangjunpeng

至尊木虫 (知名作家)

[交流] TCGA数据库的使用交流 已有10人参与

在生信领域，数据源是非常重要的，毕竟谁也不想感受“巧妇无米之炊”的感觉。随着大数据时代的到来，各种大型生物公共数据库也不断完善，其中就包括The Cancer Genome Atlas （TCGA，https://tcga-data.nci.nih.gov/tcga/tcgaHome2.jsp）数据库。TCGA数据源大部分都是公开的，如何有效的进行收集和预处理是一个头疼的问题。

目前来能够从TCGA数据库中提取数据的处理工具有cBioPortal（http://www.cbioportal.org/public-portal/cgds_r.jsp），ICGC（http://dcc.icgc.org/download/current）和GenePattern（http://www.broadinstitute.org/ca ... tern/download/index）。这些工具使用起来还是有其局限性，都不能够轻易获取每个癌症类型的二维数据矩阵（例如基因为rows，样本为columns）。

因此开此贴，欢迎各位同行虫友交流一下获取TCGA数据库的经验，以及间接获取TCGA数据的工具使用技巧和方法。
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

分子生化实验经验积累

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
北冥有鱼，其名为鲲。鲲之大，不知其几千里也。化而为鸟，其名为鹏。鹏之背，不知其几千里也。怒而飞，其翼若垂天之云。是鸟也，海运则将徙于南冥。南冥者，...
1楼 2014-03-10 18:41:29
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xv1215

金虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
有没有数据库使用教程啊？
赞一下 回复此楼
6楼2014-11-23 20:53:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 13 个回答

biojamie

金虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
我最近也在使用TCGA的一些数据，TCGA只公开部分的肿瘤数据，有一些是可以下载，但不能发布使用，对于既能下又能用的部分(我用到的是22种肿瘤)，又分为基因组的variation和RNA seq的一些原始结果(目前我所知道的)。最好是批量下载，即在它的ftp上把整个文件夹获取。另外也推荐一个肿瘤数据库：COSMIC  里面的mutation文件竟包含了TCGA的一些结果，但我没细看是否完全包含了，lz如果深入做这部分，可以向你请教一下！
赞一下 回复此楼
2楼2014-03-18 22:11:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhangjunpeng

至尊木虫 (知名作家)
引用回帖:
2楼: Originally posted by biojamie at 2014-03-18 22:11:58
我最近也在使用TCGA的一些数据，TCGA只公开部分的肿瘤数据，有一些是可以下载，但不能发布使用，对于既能下又能用的部分(我用到的是22种肿瘤)，又分为基因组的variation和RNA seq的一些原始结果(目前我所知道的)。最 ...

虽然TCGA公开了很多数据，但是数据格式难以转化成熟悉的结构化数据：nXm，其中n为变量，m为样本。所以数据转化是一个问题。
赞一下 回复此楼
北冥有鱼，其名为鲲。鲲之大，不知其几千里也。化而为鸟，其名为鹏。鹏之背，不知其几千里也。怒而飞，其翼若垂天之云。是鸟也，海运则将徙于南冥。南冥者，...
3楼2014-03-18 22:33:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

scybhmu老谭

木虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
我也在用这个数据库的数据，它里面gene expressing 的数据一般有3个level，但是往往没有我需要的level2的数据，所以想要得到真的不容易，但是听人说给作者写邮件能得到level2的数据，不知道能不能行，想问问你们有没有什么办法得到level2的数据？
赞一下 回复此楼
4楼2014-04-12 14:21:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 13 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 311求调剂一志愿合肥工业大学 +4 秋二十二 2026-03-30 4/200 2026-03-31 04:11 by fmesaito
[考研] 一志愿085600中科院宁波所276分求调剂 +4 材料学257求调剂 2026-03-28 5/250 2026-03-31 03:57 by fmesaito
[考研] 一志愿郑大材料工程290求调剂 +12 Youth_ 2026-03-30 12/600 2026-03-31 03:34 by 蒙奇奇521
[考研] 085600 295分求调剂 +7 W55j 2026-03-30 9/450 2026-03-30 20:36 by dick_runner
[考研] 一志愿哈尔滨工业大学材料与化工方向336分 +12 辰沐5211314 2026-03-26 12/600 2026-03-30 19:28 by Wang200018
[考研] 329求调剂 +8 星野? 2026-03-26 8/400 2026-03-30 13:41 by chemdavid
[考研] 材料与化工272求调剂 +21 阿斯蒂芬2004 2026-03-28 21/1050 2026-03-30 10:52 by 晴空210210
[考研] 【求调剂】085601材料工程专硕 | 总分272 | +7 脚滑的守法公民 2026-03-27 7/350 2026-03-29 20:21 by dophin1985
[考研] 调剂310 +12 温柔的晚安 2026-03-25 13/650 2026-03-29 20:01 by 无际的草原
[考研] 343求调剂085601 +3 要努力学习x 2026-03-29 3/150 2026-03-29 18:35 by wxiongid
[考研] 356求调剂 +4 gysy?s?a 2026-03-28 4/200 2026-03-29 10:32 by 唐沐儿
[考研] 343求调剂 +5 爱羁绊 2026-03-28 5/250 2026-03-28 20:53 by 唐沐儿
[考研] 347求调剂 +3 山顶见α 2026-03-25 3/150 2026-03-28 14:13 by 唐沐儿
[考研] 308求调剂 +7 墨墨漠 2026-03-27 7/350 2026-03-28 07:43 by 热情沙漠
[考研] 一志愿吉大071010，316分求调剂 +3 xgbiknn 2026-03-27 3/150 2026-03-27 10:36 by guoweigw
[硕博家园] 北京林业大学硕导招生广告 +6 kongweilin 2026-03-26 8/400 2026-03-27 10:18 by FF_16
[考研] 085602 289分求调剂 +8 WWW西西弗斯 2026-03-24 8/400 2026-03-26 16:33 by 不吃魚的貓
[考研] 085601求调剂总分293英一数二 +4 钢铁大炮 2026-03-24 4/200 2026-03-26 16:28 by dick_runner
[考研] 机械学硕总分317求调剂！！！！ +4 Acaciad 2026-03-25 4/200 2026-03-25 19:59 by hanserlol
[考研] 290分调剂求助 +3 吉祥止止陈 2026-03-25 3/150 2026-03-25 19:58 by barlinike
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭