应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 专业学科区 » 信息科学 » 信息综合 » TCGA数据库的使用交流
51/1返回列表
查看: 6315  |  回复: 12
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

zhangjunpeng

至尊木虫 (知名作家)

[交流] TCGA数据库的使用交流 已有10人参与

在生信领域，数据源是非常重要的，毕竟谁也不想感受“巧妇无米之炊”的感觉。随着大数据时代的到来，各种大型生物公共数据库也不断完善，其中就包括The Cancer Genome Atlas （TCGA，https://tcga-data.nci.nih.gov/tcga/tcgaHome2.jsp）数据库。TCGA数据源大部分都是公开的，如何有效的进行收集和预处理是一个头疼的问题。

目前来能够从TCGA数据库中提取数据的处理工具有cBioPortal（http://www.cbioportal.org/public-portal/cgds_r.jsp），ICGC（http://dcc.icgc.org/download/current）和GenePattern（http://www.broadinstitute.org/ca ... tern/download/index）。这些工具使用起来还是有其局限性，都不能够轻易获取每个癌症类型的二维数据矩阵（例如基因为rows，样本为columns）。

因此开此贴，欢迎各位同行虫友交流一下获取TCGA数据库的经验，以及间接获取TCGA数据的工具使用技巧和方法。
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

分子生化实验经验积累

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
北冥有鱼，其名为鲲。鲲之大，不知其几千里也。化而为鸟，其名为鹏。鹏之背，不知其几千里也。怒而飞，其翼若垂天之云。是鸟也，海运则将徙于南冥。南冥者，...
1楼 2014-03-10 18:41:29
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lordove

新虫 (小有名气)
引用回帖:
9楼: Originally posted by fangyonghui at 2015-04-24 03:01:21
我刚接触到这个数据库，现在想获取每个基因的TSS位置，但是DOWN下来的数据看起来很不适合呀，不知道有没有比较好的基因和TSS位置对应的文件？愁死我了！

gtf文件就行啊
回复此楼
10楼2015-06-24 16:55:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 13 个回答

biojamie

金虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
我最近也在使用TCGA的一些数据，TCGA只公开部分的肿瘤数据，有一些是可以下载，但不能发布使用，对于既能下又能用的部分(我用到的是22种肿瘤)，又分为基因组的variation和RNA seq的一些原始结果(目前我所知道的)。最好是批量下载，即在它的ftp上把整个文件夹获取。另外也推荐一个肿瘤数据库：COSMIC  里面的mutation文件竟包含了TCGA的一些结果，但我没细看是否完全包含了，lz如果深入做这部分，可以向你请教一下！
赞一下 回复此楼
2楼2014-03-18 22:11:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhangjunpeng

至尊木虫 (知名作家)
引用回帖:
2楼: Originally posted by biojamie at 2014-03-18 22:11:58
我最近也在使用TCGA的一些数据，TCGA只公开部分的肿瘤数据，有一些是可以下载，但不能发布使用，对于既能下又能用的部分(我用到的是22种肿瘤)，又分为基因组的variation和RNA seq的一些原始结果(目前我所知道的)。最 ...

虽然TCGA公开了很多数据，但是数据格式难以转化成熟悉的结构化数据：nXm，其中n为变量，m为样本。所以数据转化是一个问题。
赞一下 回复此楼
北冥有鱼，其名为鲲。鲲之大，不知其几千里也。化而为鸟，其名为鹏。鹏之背，不知其几千里也。怒而飞，其翼若垂天之云。是鸟也，海运则将徙于南冥。南冥者，...
3楼2014-03-18 22:33:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

scybhmu老谭

木虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
我也在用这个数据库的数据，它里面gene expressing 的数据一般有3个level，但是往往没有我需要的level2的数据，所以想要得到真的不容易，但是听人说给作者写邮件能得到level2的数据，不知道能不能行，想问问你们有没有什么办法得到level2的数据？
赞一下 回复此楼
4楼2014-04-12 14:21:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 13 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 面上函评意见出来了，像什么等级？ 20+4 Tsingking1 2026-08-27 15/750 2026-09-01 12:23 by icm639
[论文投稿] 小白求助 投论文要求的highlights应该如何写 5+3 l1963982152 2026-08-29 4/200 2026-09-01 09:04 by 北京莱茵编辑
[基金申请] 麻烦专家们看看评委们的意见（F口面上） +7 gdd2018 2026-08-28 12/600 2026-09-01 08:32 by 尼古拉斯小虫
[基金申请] 怎么看青基中了没有啊 +6 叶九微 2026-08-26 6/300 2026-08-31 23:54 by yudaoqian88
[基金申请] 国社科又开始会评了，不知道这次命运如何 +7 雨打竹帘 2026-08-30 11/550 2026-08-31 23:16 by hittle2008
[基金申请] 基金未中，这种答复是模板吗？ +6 zhaosm1982 2026-08-27 7/350 2026-08-31 21:18 by qdxxmc
[基金申请] 面上意见出来了 +12 黄鸟于飞Chao 2026-08-29 23/1150 2026-08-31 18:57 by 黄鸟于飞Chao
[基金申请] 能否申诉？ +7 echo8914667 2026-08-30 8/400 2026-08-31 17:00 by yihongxu
[基金申请] 中青基了要发朋友圈吗？ +7 349506619 2026-08-28 7/350 2026-08-31 13:39 by 冼亮淀粉酶
[基金申请] 基金不中，共勉 +12 eulota 2026-08-26 12/600 2026-08-31 08:42 by ZJTJZ
[基金申请] 有没有仍没收到信息的 +7 德尚中行 2026-08-27 8/400 2026-08-30 20:52 by purplejack
[考博] 找导师 +6 yuanjiabao 2026-08-29 7/350 2026-08-30 14:40 by 生科新手
[基金申请] 系统查不到 +11 董八千 2026-08-26 11/550 2026-08-28 18:06 by Leogzhya
[基金申请] 基金系统什么内容也没有 30+4 winsaint 2026-08-27 9/450 2026-08-28 11:06 by maolC
[基金申请] 怎么查啊 +6 huang1991js 2026-08-26 6/300 2026-08-28 08:42 by winsaint
[基金申请] 看板上这么多中的，有点像50人群里49个人都是骗子的那种感觉…… +5 a089 2026-08-26 6/300 2026-08-27 14:05 by jonewore
[基金申请] 为什么 国际(地区)合作与交流项目 没有放榜？ 10+3 majunge000 2026-08-26 11/550 2026-08-27 08:42 by 北京莱茵编辑
[基金申请] 我不理解！ +15 Edward_pc 2026-08-26 23/1150 2026-08-26 20:34 by zzuzxg
[基金申请] 系统进不去 +4 yanglien 2026-08-26 5/250 2026-08-26 11:10 by wenfengw83
[基金申请] 牛来！米来！面来！ +8 beefly 2026-08-26 8/400 2026-08-26 08:37 by xuzhipiao
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭