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zhangjunpeng

至尊木虫 (知名作家)

[交流] TCGA数据库的使用交流 已有10人参与

在生信领域，数据源是非常重要的，毕竟谁也不想感受“巧妇无米之炊”的感觉。随着大数据时代的到来，各种大型生物公共数据库也不断完善，其中就包括The Cancer Genome Atlas （TCGA，https://tcga-data.nci.nih.gov/tcga/tcgaHome2.jsp）数据库。TCGA数据源大部分都是公开的，如何有效的进行收集和预处理是一个头疼的问题。

目前来能够从TCGA数据库中提取数据的处理工具有cBioPortal（http://www.cbioportal.org/public-portal/cgds_r.jsp），ICGC（http://dcc.icgc.org/download/current）和GenePattern（http://www.broadinstitute.org/ca ... tern/download/index）。这些工具使用起来还是有其局限性，都不能够轻易获取每个癌症类型的二维数据矩阵（例如基因为rows，样本为columns）。

因此开此贴，欢迎各位同行虫友交流一下获取TCGA数据库的经验，以及间接获取TCGA数据的工具使用技巧和方法。
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1楼 2014-03-10 18:41:29
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lordove

新虫 (小有名气)
引用回帖:
9楼: Originally posted by fangyonghui at 2015-04-24 03:01:21
我刚接触到这个数据库，现在想获取每个基因的TSS位置，但是DOWN下来的数据看起来很不适合呀，不知道有没有比较好的基因和TSS位置对应的文件？愁死我了！

gtf文件就行啊
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10楼2015-06-24 16:55:22
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biojamie

金虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
我最近也在使用TCGA的一些数据，TCGA只公开部分的肿瘤数据，有一些是可以下载，但不能发布使用，对于既能下又能用的部分(我用到的是22种肿瘤)，又分为基因组的variation和RNA seq的一些原始结果(目前我所知道的)。最好是批量下载，即在它的ftp上把整个文件夹获取。另外也推荐一个肿瘤数据库：COSMIC  里面的mutation文件竟包含了TCGA的一些结果，但我没细看是否完全包含了，lz如果深入做这部分，可以向你请教一下！
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2楼2014-03-18 22:11:58
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zhangjunpeng

至尊木虫 (知名作家)
引用回帖:
2楼: Originally posted by biojamie at 2014-03-18 22:11:58
我最近也在使用TCGA的一些数据，TCGA只公开部分的肿瘤数据，有一些是可以下载，但不能发布使用，对于既能下又能用的部分(我用到的是22种肿瘤)，又分为基因组的variation和RNA seq的一些原始结果(目前我所知道的)。最 ...

虽然TCGA公开了很多数据，但是数据格式难以转化成熟悉的结构化数据：nXm，其中n为变量，m为样本。所以数据转化是一个问题。
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北冥有鱼，其名为鲲。鲲之大，不知其几千里也。化而为鸟，其名为鹏。鹏之背，不知其几千里也。怒而飞，其翼若垂天之云。是鸟也，海运则将徙于南冥。南冥者，...
3楼2014-03-18 22:33:43
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scybhmu老谭

木虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
我也在用这个数据库的数据，它里面gene expressing 的数据一般有3个level，但是往往没有我需要的level2的数据，所以想要得到真的不容易，但是听人说给作者写邮件能得到level2的数据，不知道能不能行，想问问你们有没有什么办法得到level2的数据？
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4楼2014-04-12 14:21:03
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