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简介：看原文吧！ MDAnalysis is a python framework to analyze molecular dynamics trajectories generated by Charmm, NAMD, or LAMMPS (Gromacs support is in the working...). It allows one to read molecular dynamics trajectories and access the atomic coordinates through numpy arrays. This provides an extremely flexible and relatively fast framework for complex analysis tasks. In addition, Charmm-style atom selection commands are implemented. Trajectories can also be manipulated (for instance, fit to a reference structure) and written out. It is inspired by the Schulten Group's MDtools for Python, and the DCD reading code is derived from VMD's catdcd. MDAnalysis is GPL licensed, except for the dcd reading code (UIUC Open Source Licence, GPL-compatible). Some time-critical routines are written in C or pyrex and require a working C compiler and pyrex........... http://code.google.com/p/mdanalysis/ |
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