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嵌段共聚物初始模型产生问题？ 已有1人参与
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打算用lammps模拟嵌段共聚物的熔体自组装问题，用的是bead-spring模型，bond的用的是fene，可是在初始构型上遇到了问题，自已仿照lammps中自带工具chain.f，修改后（附件2）产生共聚物链，结果产生出来后，用soft势函数把重叠的原子跑开后，也尝试过先能量最小化，再做分子动力学模拟，发现老是在bond上面出问题，要不就是显示fene bond too long，要不就是键断开了，期间，把in文件做了很多尝试，比如修改neighbour中bin的大小，时间步长的大小等，结果都不是行。我感觉是初始构象产生的不够好，查了些文献，找到一篇说可以用scf结论通过Mc方法产生初始构象（附件文献），谁用过这个或者有跑过嵌段共聚物熔体的例子，能否分享一下，十分感谢。 以下是我的in文件 units lj boundary p p p atom_style angle #read_data data1.file special_bonds fene read_restart restart.* #velocity all create 2.0 82787 neighbor 0.3 bin neigh_modify delay 0 timestep 0.01 #bond energy bond_style fene bond_coeff 1 30.0 1.5 1.0 1.0 #pair interaction energy pair_style lj/sf 2.5 pair_coeff 1 1 1.0 1.0 pair_coeff 2 2 1.0 1.0 pair_coeff 1 2 1.0 1.0 1.222462 #angle interaction energy angle_style cosine/delta angle_coeff 1 1.0 0.0 angle_coeff 2 1.0 0.0 thermo_style custom step etotal press temp lx ly lz thermo 1000 #fix 1 all nve #run 1000 #minimize 1.0e-6 0.001 1000 10000 #unfix 1 fix 2 all nvt temp 2.0 2.0 10.0 dump 1 all custom 5000 dump.lammpstrj id type mol x y z #dump 2 all xyz 10000 dump.dat #dump_modify 1 sort id reset_timestep 0 restart 100000 restart run 100000 unfix 2 fix 3 all npt temp 2.0 1.0 10.0 aniso 0.0 0.0 100.0 run 100000 #unfix 3 fix 4 all npt temp 1.0 1.0 10.0 aniso 0.0 0.0 100.0 run 100000 unfix 4 fix 5 all nvt temp 1.0 1.0 10.0 run 1000000 |
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本内容由用户自主发布，如果其内容涉及到知识产权问题，其责任在于用户本人，如对版权有异议，请联系邮箱：xiaomuchong@tal.com - 附件 1 : 2002A_general-purpose_coarse-grained_molecular_dynamics_program.pdf
- 附件 2 : chain.f
2014-03-07 09:43:20, 525.49 K
2014-03-07 09:44:59, 9.83 K
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timestep就是dt，但是在模拟里面，timestep越大力就越大，局部力过大就会导致键断裂。你把看你的是0.01，可以试试0.001，逐渐调整一下 发自小木虫Android客户端 |
5楼2018-12-13 09:03:54
sciencejoy
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