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issp-hao

银虫 (正式写手)

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[求助] 嵌段共聚物初始模型产生问题？已有1人参与

打算用lammps模拟嵌段共聚物的熔体自组装问题，用的是bead-spring模型，bond的用的是fene，可是在初始构型上遇到了问题，自已仿照lammps中自带工具chain.f，修改后（附件2）产生共聚物链，结果产生出来后，用soft势函数把重叠的原子跑开后，也尝试过先能量最小化，再做分子动力学模拟，发现老是在bond上面出问题，要不就是显示fene bond too long，要不就是键断开了，期间，把in文件做了很多尝试，比如修改neighbour中bin的大小，时间步长的大小等，结果都不是行。我感觉是初始构象产生的不够好，查了些文献，找到一篇说可以用scf结论通过Mc方法产生初始构象（附件文献），谁用过这个或者有跑过嵌段共聚物熔体的例子，能否分享一下，十分感谢。
以下是我的in文件

units lj
boundary p p p
atom_style angle

#read_data data1.file
special_bonds fene
read_restart restart.*
#velocity all create 2.0 82787

neighbor 0.3 bin
neigh_modify delay 0

timestep 0.01

#bond energy
bond_style fene
bond_coeff 1 30.0 1.5 1.0 1.0

#pair interaction energy
pair_style lj/sf 2.5
pair_coeff 1 1 1.0 1.0
pair_coeff 2 2 1.0 1.0
pair_coeff 1 2 1.0 1.0 1.222462

#angle interaction energy
angle_style cosine/delta
angle_coeff 1 1.0 0.0
angle_coeff 2 1.0 0.0

thermo_style custom step etotal press temp lx ly lz
thermo 1000

#fix 1 all nve

#run 1000
#minimize 1.0e-6 0.001 1000 10000

#unfix 1
fix 2 all nvt temp 2.0 2.0 10.0

dump 1 all custom 5000 dump.lammpstrj id type mol x y z
#dump 2 all xyz 10000 dump.dat
#dump_modify 1 sort id

reset_timestep 0
restart 100000 restart

run 100000

unfix 2
fix 3 all npt temp 2.0 1.0 10.0 aniso 0.0 0.0 100.0
run 100000

#unfix 3
fix 4 all npt temp 1.0 1.0 10.0 aniso 0.0 0.0 100.0
run 100000

unfix 4
fix 5 all nvt temp 1.0 1.0 10.0
run 1000000

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2014-03-07 09:43:20, 525.49 K