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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 在做gromacs教程跑膜的MD例子 ，老报错！求指教
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zhuimeng08

银虫 (正式写手)

[求助] 在做gromacs教程跑膜的MD例子 ，老报错！求指教

我在做gromacs教程上的例子，http://www.bevanlab.biochem.vt.e ... _protein/index.html
在做到 grompp -f minim.mdp -c dppc128.gro -p topol_dppc.top -o em.tpr这步时，
报Fatal error:Atomtype CA not found，所以把ffnonbond.itp中所有的CA、CB、CD项删去。但是这样一来，在做到
grompp -f ions.mdp -c system_solv.gro -p topol.top -o ions.tpr这步时，则报同样的错误，即Fatal error:Atomtype CA not found，
我便把原来ffnonbond.itp中所有的CA、CB、CD项再次加上，运行。依然报同样的错误，即Fatal error:Atomtype CA not found。
求指教

[ Last edited by zhuimeng08 on 2014-3-6 at 09:19 ]
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1楼 2014-03-06 09:12:13
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青青白白123

新虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 疯狂的鬼马 at 2016-12-30 15:25:09
楼主楼主  你这个问题解决了吗 我呀出现了类似的问题 求指教啊

你好，请问你的问题解决了吗？
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4楼2018-03-21 14:25:13
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贝叶竹青

木虫 (著名写手)
打扰您一下 ions.mdp文件是怎么来的啊
赞一下 回复此楼
come to meet a different you.努力到无能为力，拼搏到感动自己。
2楼2015-05-28 22:04:08
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疯狂的鬼马

新虫 (初入文坛)
楼主楼主  你这个问题解决了吗 我呀出现了类似的问题 求指教啊
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3楼2016-12-30 15:25:09
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查看全部 4 个回答
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