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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » NAMD在DOS中回车运行后总是自动停止怎么办
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无敌炉石

铜虫 (小有名气)

[求助] NAMD在DOS中回车运行后总是自动停止怎么办 已有1人参与

NAMD在DOS中回车运行后总是自动停止怎么办，输入的程序都是对的
自动停止的情况是这样在DOS中：
D:\namd-tutorial\namd>namd2.exe ..之后是指令，回车运行，可以运行，过了一会自动停止然后回到D:\namd-tutorial\namd>  ，之前其他蛋白也都跑过了，虽然也停止过，但最多反复输入3次就可以正常运行了，但这次反复了10几次也不行，求大神解答啊！！！
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1楼 2014-02-13 16:07:11
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blacksep

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by smutao at 2014-02-13 16:59:57
建议使用namd2.exe <config.in>out.out
之后看看out文件里面的出错信息

你好，我使用namd2 的时候，总是会停止工作，之后就回显示：child process exited abnormally。请问我应该怎么解决呢？您这里说的方法我也试过了，还是不行，小木虫的其他文章也找过了，也没有给出解决方法。
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4楼2015-09-05 12:26:39
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smutao

禁虫 (著名写手)
★
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-02-14 15:01:01
本帖内容被屏蔽
2楼2014-02-13 16:59:57
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无敌炉石

铜虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★ ★
月只蓝: 金币+5, 感谢分享研究成果！ 2014-02-19 11:05:19
我知道问题出在哪里了，是我用PyMOL把目标蛋白的某些氨基酸给替换了，然后保存pdb格式，但这个pdb格式的蛋白就出现上边的问题，如果我在氨基酸序列上把某些氨基酸突变后再去建模成pdb格式蛋白，这个蛋白去跑就能成功，虽然知道问题出在哪了，但是用pymol替换后为什么跑不成功，是个问题，是不是因为我用pymol突变的氨基酸太多了，我一下改变了20个
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3楼2014-02-19 09:07:11
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