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无敌炉石

铜虫 (小有名气)

[求助] NAMD在DOS中回车运行后总是自动停止怎么办已有1人参与

NAMD在DOS中回车运行后总是自动停止怎么办,输入的程序都是对的
自动停止的情况是这样在DOS中:
D:\namd-tutorial\namd>namd2.exe ..之后是指令,回车运行,可以运行,过了一会自动停止然后回到D:\namd-tutorial\namd>  ,之前其他蛋白也都跑过了,虽然也停止过,但最多反复输入3次就可以正常运行了,但这次反复了10几次也不行,求大神解答啊!!!
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smutao

禁虫 (著名写手)


感谢参与,应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流! 2014-02-14 15:01:01
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2楼2014-02-13 16:59:57
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无敌炉石

铜虫 (小有名气)

★ ★ ★ ★ ★
月只蓝: 金币+5, 感谢分享研究成果! 2014-02-19 11:05:19
我知道问题出在哪里了,是我用PyMOL把目标蛋白的某些氨基酸给替换了,然后保存pdb格式,但这个pdb格式的蛋白就出现上边的问题,如果我在氨基酸序列上把某些氨基酸突变后再去建模成pdb格式蛋白,这个蛋白去跑就能成功,虽然知道问题出在哪了,但是用pymol替换后为什么跑不成功,是个问题,是不是因为我用pymol突变的氨基酸太多了,我一下改变了20个
3楼2014-02-19 09:07:11
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blacksep

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by smutao at 2014-02-13 16:59:57
建议使用namd2.exe <config.in>out.out
之后看看out文件里面的出错信息

你好,我使用namd2 的时候,总是会停止工作,之后就回显示:child process exited abnormally。请问我应该怎么解决呢?您这里说的方法我也试过了,还是不行,小木虫的其他文章也找过了,也没有给出解决方法。
4楼2015-09-05 12:26:39
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