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Ebook__《Foundations of Systems Biology》
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 Contributors ix Preface xiii 1 Systems Biology: Toward System-level Understanding of Biological Systems 1 Hiroaki Kitano I ADVANCED MEASUREMENT SYSTEMS 2 Automatic Acquisition of Cell Lineage through 4D Microscopy and Analysis of Early C. elegans Embryogenesis 39 Shuichi Onami, Shugo Hamahashi, Masao Nagasaki, Satoru Miyano, and Hiroaki Kitano II REVERSE ENGINEERING AND DATA MINING FROM GENE EXPRESSION DATA 3 The DBRF Method for Inferring a Gene Network from Large-Scale Steady-State Gene Expression Data 59 Shuichi Onami, Koji M. Kyoda, Mineo Morohashi, and Hiroaki Kitano 4 The Analysis of Cancer Associated Gene Expression Matrices 77 MattiasWahde and Zoltan Szallasi 5 Automated Reverse Engineering of Metabolic Pathways from Observed Data by Means of Genetic Programming 95 John R. Koza,William Mydlowec, Guido Lanza, Jessen Yu, and Martin A. Keane III SOFTWARE FOR MODELING AND SIMULATION 6 The ERATO Systems Biology Workbench: An Integrated Environment for Multiscale and Multitheoretic Simulations in Systems Biology 125 Michael Hucka, Andrew Finney, Herbert Sauro, Hamid Bolouri, John Doyle, and Hiroaki Kitano 7 Automatic Model Generation for Signal Transduction with Applications to MAP-Kinase Pathways 145 Bruce E. Shapiro, Andre Levchenko, and Eric Mjolsness 8 Modeling Large Biological Systems From Functional Genomic Data: Parameter Estimation 163 Pedro Mendes IV CELLULAR SIMULATION 9 Towards a Virtual Biological Laboratory 189 J ¨org Stelling, Andreas Kremling, Martin Ginkel, Katja Bettenbrock and Ernst Dieter Gilles 10 Computational Cell Biology — The Stochastic Approach 213 Thomas Simon Shimizu and Dennis Bray 11 Computer Simulation of the Cell: Human Erythrocyte Model and its Application 233 Yoichi Nakayama and Masaru Tomita V SYSTEM-LEVEL ANALYSIS 12 Constructing Mathematical Models of Biological Signal Transduction Pathways: An Analysis of Robustness 251 Tau-Mu Yi 13 Combination of Biphasic Response Regulation and Positive Feedback as a General Regulatory Mechanism in Homeostasis and Signal Transduction 263 Andre Levchenko, Jehoshua Bruck, and Paul W. Sternberg 14 Distinct Roles of Rho-kinase Pathway and Myosin Light Chain Kinase Pathway in Phosphorylation of Myosin Light Chain: Kinetic Simulation Study 279 Shinya Kuroda, Nicolas Schweighofer, Mutsuki Amano, Kozo Kaibuchi, and Mitsuo Kawato[ Last edited by silicare on 2014-2-11 at 17:37 ] |
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