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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 菜鸟。请问如何用gromacs模拟，水和油不容分层？？
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kikumaru818

新虫 (初入文坛)

[求助] 菜鸟。请问如何用gromacs模拟，水和油不容分层？？ 已有1人参与

唉。我建立一个水箱子，放入部分的 油分子。
请问我有办法可以模拟他们互相不容分层，或者相互排斥的现象么？？？？？？？？？？？？
怎么编辑md文件。。。。。

谢谢啊，各位！
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1楼 2014-01-30 02:22:24
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smutao

禁虫 (著名写手)
★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+3, 鼓励交流，新春快乐！ 2014-01-30 21:09:31
本帖内容被屏蔽
2楼2014-01-30 16:27:10
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QQ_Q_Q_QQ

新虫 (正式写手)
★ ★
月只蓝: 金币+2, 鼓励交流！ 2014-02-12 16:26:41
如果要模拟从随机分散到分层，这个需要很长时间呀。
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3楼2014-02-03 17:30:02
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kikumaru818

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by smutao at 2014-01-30 16:27:10
请楼主参考做膜蛋白模拟的md相关教程，里面有一步就是你需要做的

可以提供一个链接不？？？？？
谢谢大神！
赞一下 回复此楼
4楼2014-02-11 02:40:30
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kikumaru818

新虫 (初入文坛)
★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-02-12 16:26:48
引用回帖:
3楼: Originally posted by QQ_Q_Q_QQ at 2014-02-03 17:30:02
如果要模拟从随机分散到分层，这个需要很长时间呀。

比如我把水和油 放进一个box里面，我要如何编写我的md 文件呢？
要跑多久阿？ 我可以用super computer。

纯新手，教授也不教我。求教
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5楼2014-02-11 02:42:58
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