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weile_0

银虫 (小有名气)

[交流] 大片段DNA(6.4K)与载体连接所需的载体,反转录酶,PCR聚合酶的选择!!!

各位大侠:小弟最近做个长片段的cDNA与T载体的连接,片段大小6.4K,载体选用的是pUC19和pGEMT-easy ,反转录酶用的是RevertAid Tirst Strand cDNA Synthesis Kit (#K1621),CDNA第二链的扩增用的是LA Taq 。我是用纯病毒的RNA做模板,操作步骤严格按照说明做的,也曾经有一次获得过电泳图清晰显示的是全长6.4KB左右的片段,与载体连接,结果筛选到的几个克隆,插入的片段仅有2KB左右,奈何?可最近几次再用此反转录试剂盒却不能得到所需片段。在此,小弟想问问大家,你们是否遇到同样的问题,是如何解决的?所用的试剂(载体和酶的选择)和方法是什么,可以告诉后来者,共同进步吧。
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pxmyz

银虫 (小有名气)

[[结果筛选到的几个克隆,插入的片段仅有2KB左右,奈何?]],你可能是用PCR的方法先初步鉴定筛选的吧。你鉴定的那个插入有2KB左右的克隆或许是空载体。因为空载体上有跟你目的片段同源性很高的区域,这很有可能与你引物结合,扩增出2KB左右的条带。你可以做PCR是挑一个蓝斑做对照。至于用此反转录试剂盒却不能得到所需片段,可能与提取的RNA等都有关系,需要你实验中自己摸索。
Ican,Ido.
2楼2008-01-15 16:58:03
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weile_0

银虫 (小有名气)

你好,pxmyz,谢谢你的回复。我得到的2KB片段是我的所克隆病毒基因的3‘端,只有很少的几十个BP的载体片段,现在我准备分段连接和长片段克隆同时进行。
3楼2008-01-15 17:40:40
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ypan

木虫 (著名写手)

片段太长,与pUC19和pGEMT-easy 连接很可能连接不上去,即使偶尔连接上去,在宿主细胞也很难复制,目的片段会丢失!
建议用个比较大的克隆载体,如噬菌体载体!
祝你好运!
4楼2008-01-15 18:39:06
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mascotte

金虫 (正式写手)

如此大的片断是不能用通常的载体进行连接的,一般目的片断的大小要小于载体的1/3,否则是装不进去的。至于6.4kb的片断,建议使用黏粒或者腺病毒载体,质粒不行。
5楼2008-01-15 20:32:38
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克隆大虾

铁杆木虫 (著名写手)

6.4kb应该没问题,放手干,我往pGEM-T连过6kb的
6楼2008-01-16 00:44:17
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weile_0

银虫 (小有名气)

我在这几篇文章(发表在Archive of Virology),中了解到,都是同一个属的病毒,大小都是6.4KB左右,而且他们用的载体都是pUC18和pBluescriptⅡ,得到的克隆经体外转录都具有侵染性。我现在就是在参照他们的方法,载体质粒选用pUC19,我现在就是怀疑LA Taq 能否得到长片段,或者准备换Roche公司的Expand long template DNA polymerase,不知道哪位大侠用过,谢谢告知!
     在5‘端引物的设计中,T7启动子和病毒的序列之间是否加上一个G,有的文章中加1个,2个,3个,有的没加,而且都说有侵染性?我该怎么办?
7楼2008-01-16 10:28:05
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