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huzi2359金虫 (著名写手)
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[求助]
石墨烯在0K下的弛豫 已有2人参与
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in文件如下： units metal dimension 3 boundary p p p newton on atom_style atomic neighbor 2.0 nsq neigh_modify delay 0 every 10 read_data graphite.data mass 1 12.0108 pair_style airebo 2 1 0 pair_coeff * * CH.airebo C timestep 0.001 thermo 100 min_style cg minimize 1.0e-12 1.0e-12 1000 1000 velocity all create 0.01 4928459 mom yes rot yes dist gaussian fix 1 all npt temp 0.01 0.01 2.0 iso 0.0 0.0 20.0 compute 101 all pe/atom compute 102 all ke/atom dump 1 all custom 5000 graphite.lammpstrj id type x y z c_101 c_102 run 100000 计算时，出现下面这情况，麻烦帮忙看看！  MU`FANGTJ9V6NB@WHS7}O3J.jpg |
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3楼2014-01-25 19:10:12
【答案】应助回帖
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几种可能： 1. 你的原子太密集了，一个原子有太多的相邻原子。这里看不出来，因为你的模型是READ进去的。 2. neighbor 里面的 SKIN 设置太大了，太多原子被认为是邻居原子造成溢出， 那个2.0改小一点。 3. 如果这是算了几步才出现的话，证明几步以后原子都堆到一块去了，造成溢出 建议:1. 看一下你的模型，有没有原子重叠的情况或者原子距离很近 2. 改小2.0 3. 驰豫前不一定要能量最小化的，把CG最小化去掉，看看NPT里面能不能跑。 如果改小了2.0， 去掉最小化，第一步就出错就是你的模型有问题，跑了几步出错就是你的势有问题 |
2楼2014-01-23 20:16:28
