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huzi2359

金虫 (著名写手)

[求助] 石墨烯在0K下的弛豫 已有2人参与

in文件如下:
units       metal
dimension   3
boundary    p p p
newton      on
atom_style  atomic
neighbor      2.0 nsq
neigh_modify  delay 0 every 10
read_data     graphite.data
mass          1  12.0108
pair_style   airebo 2 1 0
pair_coeff   * * CH.airebo C
timestep     0.001
thermo       100
min_style    cg
minimize     1.0e-12 1.0e-12 1000 1000
velocity     all create 0.01 4928459 mom yes rot yes dist gaussian
fix          1 all npt temp 0.01 0.01 2.0 iso 0.0 0.0 20.0
compute     101 all pe/atom
compute     102 all ke/atom
dump        1 all custom 5000 graphite.lammpstrj id type x y z c_101 c_102
run         100000
计算时,出现下面这情况,麻烦帮忙看看!
石墨烯在0K下的弛豫
MU`FANGTJ9V6NB@WHS7}O3J.jpg
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╮(╯▽╰)╭这孩子没什么擅长的
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werkstoff

银虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
huzi2359: 金币+10, ★★★很有帮助 2014-01-23 20:41:55
月只蓝: 金币+5, 感谢指导 2014-01-23 23:45:25
几种可能:

1. 你的原子太密集了,一个原子有太多的相邻原子。这里看不出来,因为你的模型是READ进去的。
2. neighbor 里面的 SKIN 设置太大了,太多原子被认为是邻居原子造成溢出, 那个2.0改小一点。
3. 如果这是算了几步才出现的话,证明几步以后原子都堆到一块去了,造成溢出

建议:1. 看一下你的模型,有没有原子重叠的情况或者原子距离很近
2.  改小2.0
3. 驰豫前不一定要能量最小化的,把CG最小化去掉,看看NPT里面能不能跑。

如果改小了2.0, 去掉最小化,第一步就出错就是你的模型有问题,跑了几步出错就是你的势有问题
2楼2014-01-23 20:16:28
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chenkunkun

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流 2014-01-25 19:55:23
经典的分子动力学好像并不适用于低温的情况吧
努力
3楼2014-01-25 19:10:12
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