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ytudou

银虫 (小有名气)

[求助] lammps计算室温下Mo的能量有疑问 已有1人参与

# LAMMPS-Mo
units                metal
boundary        p p p
atom_style        atomic

lattice        bcc  3.147
region         Mo block 0 8 0 8 0 8

create_box         1 Mo
create_atoms         1 region Mo
group         Mo region Mo
mass 1 95.94

pair_style morse 6.0
pair_coeff 1 1 0.7702 1.4341 3.0122
neighbor        2.0 bin
neigh_modify    every 1 delay 0 check yes

timestep       0.001
velocity       Mo create 299 825577 dist gaussian rot yes   
thermo           100
thermo_style   custom step temp enthalpy etotal pe ke press vol
minimize       1e-6 1e-6 100000 100000
fix            1 Mo nve
reset_timestep  0
run            20000
unfix          1
variable       P equal pe
variable       T equal temp
variable       Press equal press
variable       V equal vol
variable       E equal etotal
variable       N equal atoms
compute        rdf Mo rdf 100 1 1
fix            2 Mo ave/time 100 10 1000 c_rdf[1] c_rdf[2] c_rdf[3] file Mo.rdf mode vector


fix                 1 Mo nvt  270 300 0.1 drag 0.2
run                 50000

----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
因为我找到了室温也就是298K下Mo的比热容数据,所以想通过比热容公式  c=dE/(dT*m)来计算。经过各种单位换算得到c=(dE*4.18*10^3)/(dT*95.94*10^-3),我想问一下,我上面的脚本需要怎么改才能实现我的目的?希望各位大神畅所欲言

@老虎大王  @月只蓝
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要给力啊,MS~LAMMPS~
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茹此无声

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖


月只蓝: 金币+1, 感谢指导! 2014-02-22 11:04:40
引用回帖:
4楼: Originally posted by ytudou at 2014-02-21 17:08:29
关于lammps有不明白的地方,冒昧请教一下(^_^),望不吝赐教~
dump 10 all xyz 500 dump.xyz
这句中10,500分别指的什么?
还有就是,这句输出的是谁的坐标?是全部原子一段时间内的坐标变换?还是什么?
真的 ...

每隔500步输出所有原子的坐标,10是个id

[ 发自小木虫客户端 ]
人类一思考,上帝就发笑。
5楼2014-02-22 02:22:55
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茹此无声

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流 2014-01-19 09:42:56
修改fix computer 就行

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

人类一思考,上帝就发笑。
2楼2014-01-19 00:19:50
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ytudou

银虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 茹此无声 at 2014-01-19 00:19:50
修改fix computer 就行

那个,不好意思,能不能进一步问一下怎么改?有没有模板?或者近似的例子,因为本人编程能力实在太弱,所以可能只能做到修改……麻烦大神再指点一二~不胜感激~~
要给力啊,MS~LAMMPS~
3楼2014-01-19 09:50:25
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ytudou

银虫 (小有名气)


送红花一朵
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流! 2014-02-21 18:12:58
引用回帖:
2楼: Originally posted by 茹此无声 at 2014-01-19 00:19:50
修改fix computer 就行

关于lammps有不明白的地方,冒昧请教一下(^_^),望不吝赐教~
dump 10 all xyz 500 dump.xyz
这句中10,500分别指的什么?
还有就是,这句输出的是谁的坐标?是全部原子一段时间内的坐标变换?还是什么?
真的困惑,望大神解救啊~

[ 发自小木虫客户端 ]
要给力啊,MS~LAMMPS~
4楼2014-02-21 17:08:29
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