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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » lammps计算室温下Mo的能量有疑问
汕头大学海洋科学接受调剂
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ytudou

银虫 (小有名气)

[求助] lammps计算室温下Mo的能量有疑问 已有1人参与

# LAMMPS-Mo
units                metal
boundary        p p p
atom_style        atomic

lattice        bcc  3.147
region         Mo block 0 8 0 8 0 8

create_box         1 Mo
create_atoms         1 region Mo
group         Mo region Mo
mass 1 95.94

pair_style morse 6.0
pair_coeff 1 1 0.7702 1.4341 3.0122
neighbor        2.0 bin
neigh_modify    every 1 delay 0 check yes

timestep       0.001
velocity       Mo create 299 825577 dist gaussian rot yes   
thermo           100
thermo_style   custom step temp enthalpy etotal pe ke press vol
minimize       1e-6 1e-6 100000 100000
fix            1 Mo nve
reset_timestep  0
run            20000
unfix          1
variable       P equal pe
variable       T equal temp
variable       Press equal press
variable       V equal vol
variable       E equal etotal
variable       N equal atoms
compute        rdf Mo rdf 100 1 1
fix            2 Mo ave/time 100 10 1000 c_rdf[1] c_rdf[2] c_rdf[3] file Mo.rdf mode vector


fix                 1 Mo nvt  270 300 0.1 drag 0.2
run                 50000

----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
因为我找到了室温也就是298K下Mo的比热容数据，所以想通过比热容公式  c=dE/(dT*m)来计算。经过各种单位换算得到c=(dE*4.18*10^3)/(dT*95.94*10^-3)，我想问一下，我上面的脚本需要怎么改才能实现我的目的？希望各位大神畅所欲言

@老虎大王  @月只蓝
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要给力啊，MS~LAMMPS~
1楼 2014-01-17 13:02:37
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ytudou

银虫 (小有名气)
★
送红花一朵
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-02-21 18:12:58
引用回帖:
2楼: Originally posted by 茹此无声 at 2014-01-19 00:19:50
修改fix computer 就行

关于lammps有不明白的地方，冒昧请教一下(^_^)，望不吝赐教～
dump 10 all xyz 500 dump.xyz
这句中10，500分别指的什么？
还有就是，这句输出的是谁的坐标？是全部原子一段时间内的坐标变换？还是什么？
真的困惑，望大神解救啊～

[ 发自小木虫客户端 ]
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要给力啊，MS~LAMMPS~
4楼2014-02-21 17:08:29
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茹此无声

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流 2014-01-19 09:42:56
修改fix computer 就行
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ytudou
人类一思考，上帝就发笑。
2楼2014-01-19 00:19:50
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ytudou

银虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 茹此无声 at 2014-01-19 00:19:50
修改fix computer 就行

那个，不好意思，能不能进一步问一下怎么改？有没有模板？或者近似的例子，因为本人编程能力实在太弱，所以可能只能做到修改……麻烦大神再指点一二~不胜感激~~
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要给力啊，MS~LAMMPS~
3楼2014-01-19 09:50:25
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茹此无声

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
月只蓝: 金币+1, 感谢指导！ 2014-02-22 11:04:40
引用回帖:
4楼: Originally posted by ytudou at 2014-02-21 17:08:29
关于lammps有不明白的地方，冒昧请教一下(^_^)，望不吝赐教～
dump 10 all xyz 500 dump.xyz
这句中10，500分别指的什么？
还有就是，这句输出的是谁的坐标？是全部原子一段时间内的坐标变换？还是什么？
真的 ...

每隔500步输出所有原子的坐标，10是个id

[ 发自小木虫客户端 ]
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人类一思考，上帝就发笑。
5楼2014-02-22 02:22:55
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