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jiewei

专家顾问 (著名写手)

小才

[求助] 求蒽并噻吩的cif文件 已有1人参与

我的CCDC由于是盗版的，蒽并噻吩文件导出的时候分子结构出现了畸形。 这里诚求正常的蒽并噻吩的cif文件。
非常感谢你的帮助！
求蒽并噻吩的cif文件
截图04.jpg


求蒽并噻吩的cif文件-1
截图05.jpg
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我想做个科学家，可我又喜欢写诗；我想做一个诗人，可我却读的理工科..
1楼 2014-01-16 10:05:51
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cluster8676

至尊木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by jiewei at 2014-01-15 21:04:48
非常感谢你的回帖和付出，就是这个文件应该是有问题的，因为苯环等 有一定的畸形...

恩，是有点畸形。但是这是人家报道的，你要是用来画图的话，可以做下结构优化。或者用下面这个dimer，删掉一半？


###########################################################################
#
#                 Cambridge Crystallographic Data Centre
#                                CCDC
#
###########################################################################
#
#  This CIF contains data generated directly from one or more entries in
#  the Cambridge Structural Database and will include bibliographic,
#  chemical, crystal, experimental, refinement, and atomic coordinate data,
#  as available.
#     
#  Copyright  2014  The Cambridge Crystallographic Data Centre
#
#  This CIF is provided on the understanding that it is used for bona fide
#  research purposes only.  It may contain copyright material of the CCDC
#  or of third parties, and may not be copied or further disseminated in
#  any form, whether machine-readable or not, except for the purpose of
#  generating routine backup copies on your local computer system.
#
#  For further information about the CCDC, data deposition and data
#  retrieval see <www.ccdc.cam.ac.uk>. Bona fide researchers may freely
#  download  Mercury and enCIFer from this site to visualise CIF-encoded
#  structures and to carry out CIF format checking respectively.
#
###########################################################################

data_CSD_CIF_AVIBEN
_audit_creation_date 2011-09-15
_audit_creation_method CSD-ConQuest-V1
_database_code_CSD AVIBEN
_database_code_depnum_ccdc_archive 'CCDC 839976'
_chemical_formula_sum 'C30 H16 S2'
_chemical_formula_moiety
;
C30 H16 S2
;
_journal_coden_Cambridge 4
_journal_volume 133
_journal_year 2011
_journal_page_first 8732
_journal_name_full 'J.Am.Chem.Soc. '
loop_
_publ_author_name
"K.Niimi"
"S.Shinamura"
"I.Osaka"
"E.Miyazaki"
"K.Takimiya"
_chemical_name_systematic
;
Anthra[2,3-b]anthra[2',3':4,5]thieno[2,3-d]thiophene
;
_cell_volume    985.457
_exptl_crystal_colour 'red'
_exptl_crystal_density_diffrn 1.485
_exptl_crystal_description 'platelet'
_diffrn_ambient_temperature 293
#These two values have been output from a single CSD field.
_refine_ls_R_factor_gt 0.0595
_refine_ls_wR_factor_gt 0.0595
_symmetry_cell_setting monoclinic
_symmetry_space_group_name_H-M 'P 21'
_symmetry_Int_Tables_number 4
loop_
_symmetry_equiv_pos_site_id
_symmetry_equiv_pos_as_xyz
1 x,y,z
2 -x,1/2+y,-z
_cell_length_a 6.259(3)
_cell_length_b 7.569(3)
_cell_length_c 20.826(9)
_cell_angle_alpha 90
_cell_angle_beta 92.781(1)
_cell_angle_gamma 90
_cell_formula_units_Z 2
loop_
_atom_type_symbol
_atom_type_radius_bond
C 0.68
H 0.23
S 1.02
loop_
_atom_site_label
_atom_site_type_symbol
_atom_site_fract_x
_atom_site_fract_y
_atom_site_fract_z
S1 S 1.04885(13) 0.41305(13) 1.01525(4)
S2 S 0.47776(13) 0.20395(12) 0.93187(4)
C1 C 0.7090(6) 0.3704(5) 1.36585(17)
C2 C 0.5599(6) 0.3283(5) 1.40818(18)
C3 C 0.3689(6) 0.2428(5) 1.38833(18)
C4 C 0.3254(5) 0.2043(6) 1.32447(17)
C5 C 0.4770(5) 0.2474(4) 1.27778(16)
C6 C 0.4383(5) 0.2118(5) 1.21256(16)
C7 C 0.5853(5) 0.2564(4) 1.16698(16)
C8 C 0.5408(5) 0.2282(4) 1.09963(16)
C9 C 0.6856(5) 0.2831(4) 1.05641(16)
C10 C 0.6708(5) 0.2835(4) 0.98693(16)
C11 C 0.6465(5) 0.2491(4) 0.86918(17)
C12 C 0.6044(5) 0.2107(5) 0.80536(16)
C13 C 0.7582(5) 0.2530(4) 0.76000(16)
C14 C 0.7240(5) 0.2124(5) 0.69460(16)
C15 C 0.8723(5) 0.2542(4) 0.64980(16)
C16 C 0.8389(6) 0.2136(6) 0.58300(17)
C17 C 0.9869(7) 0.2587(6) 0.54036(19)
C18 C 1.1790(6) 0.3437(6) 0.56085(18)
C19 C 1.2204(6) 0.3844(5) 0.62400(18)
C20 C 1.0690(5) 0.3400(4) 0.67084(16)
C21 C 1.1068(5) 0.3798(4) 0.73585(16)
C22 C 0.9570(5) 0.3377(4) 0.78149(16)
C23 C 0.9932(5) 0.3761(4) 0.84758(16)
C24 C 0.8436(5) 0.3299(4) 0.89082(15)
C25 C 0.8496(5) 0.3449(4) 0.95991(16)
C26 C 0.8863(5) 0.3577(4) 1.07885(15)
C27 C 0.9363(5) 0.3870(4) 1.14270(17)
C28 C 0.7833(5) 0.3400(4) 1.18793(16)
C29 C 0.8225(5) 0.3747(4) 1.25383(17)
C30 C 0.6736(5) 0.3321(4) 1.29859(16)
H1 H 0.83800 0.42730 1.38020
H2 H 0.58820 0.35360 1.45320
H3 H 0.26570 0.20970 1.41910
H4 H 0.19370 0.14760 1.31160
H5 H 0.30790 0.15520 1.19890
H6 H 0.41110 0.17090 1.08500
H7 H 0.47190 0.15480 0.79180
H8 H 0.59340 0.15470 0.68050
H9 H 0.70740 0.15820 0.56780
H10 H 0.96240 0.22680 0.49560
H11 H 1.28310 0.37220 0.53020
H12 H 1.35140 0.44160 0.63720
H13 H 1.23680 0.43700 0.74950
H14 H 1.12240 0.43250 0.86210
H15 H 1.07210 0.43360 1.15660
H16 H 0.95440 0.42700 1.26790
#END
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4楼2014-01-16 12:15:51
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cluster8676

至尊木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
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#
#                 Cambridge Crystallographic Data Centre
#                                CCDC
#
###########################################################################
#
#  This CIF contains data generated directly from one or more entries in
#  the Cambridge Structural Database and will include bibliographic,
#  chemical, crystal, experimental, refinement, and atomic coordinate data,
#  as available.
#     
#  Copyright  2014  The Cambridge Crystallographic Data Centre
#
#  This CIF is provided on the understanding that it is used for bona fide
#  research purposes only.  It may contain copyright material of the CCDC
#  or of third parties, and may not be copied or further disseminated in
#  any form, whether machine-readable or not, except for the purpose of
#  generating routine backup copies on your local computer system.
#
#  For further information about the CCDC, data deposition and data
#  retrieval see <www.ccdc.cam.ac.uk>. Bona fide researchers may freely
#  download  Mercury and enCIFer from this site to visualise CIF-encoded
#  structures and to carry out CIF format checking respectively.
#
###########################################################################

data_CSD_CIF_VIPFOQ
_audit_creation_date 2008-01-22
_audit_creation_method CSD-ConQuest-V1
_database_code_CSD VIPFOQ
_database_code_depnum_ccdc_archive 'CCDC 665234'
_chemical_formula_sum 'C16 H10 S1'
_chemical_formula_moiety
;
C16 H10 S1
;
_journal_coden_Cambridge 1096
_journal_volume 19
_journal_year 2007
_journal_page_first 3018
_journal_name_full 'Chem.Mater. '
loop_
_publ_author_name
"F.Valiyev"
"Wei-Shan Hu"
"Hsing-Yin Chen"
"Ming-Yu Kuo"
"Ita Chao"
"Yu-Tai Tao"
_chemical_name_systematic
;
Anthra(2,3-b)thiophene
;
_cell_volume   1113.504
_exptl_crystal_colour 'yellow'
_exptl_crystal_density_diffrn 1.398
_exptl_crystal_description 'plate'
_exptl_crystal_preparation 'sublimation'
_diffrn_ambient_temperature 295
#These two values have been output from a single CSD field.
_refine_ls_R_factor_gt 0.0989
_refine_ls_wR_factor_gt 0.0989
_symmetry_cell_setting orthorhombic
_symmetry_space_group_name_H-M 'P 21 21 21'
_symmetry_Int_Tables_number 19
loop_
_symmetry_equiv_pos_site_id
_symmetry_equiv_pos_as_xyz
1 x,y,z
2 1/2-x,-y,1/2+z
3 -x,1/2+y,1/2-z
4 1/2+x,1/2-y,-z
_cell_length_a 5.9010(4)
_cell_length_b 7.6794(5)
_cell_length_c 24.5719(16)
_cell_angle_alpha 90
_cell_angle_beta 90
_cell_angle_gamma 90
_cell_formula_units_Z 4
loop_
_atom_type_symbol
_atom_type_radius_bond
C 0.68
H 0.23
S 1.02
loop_
_atom_site_label
_atom_site_type_symbol
_atom_site_fract_x
_atom_site_fract_y
_atom_site_fract_z
S1 S 0.1791(7) 0.4153(5) 0.93171(18)
C1 C 0.4470(17) 0.3138(15) 0.9422(4)
H1 H 0.51330 0.29430 0.97600
C2 C 0.547(2) 0.266(2) 0.8898(4)
H2 H 0.68940 0.21310 0.88900
C3 C 0.430(2) 0.2984(18) 0.8400(6)
C4 C 0.492(2) 0.2689(15) 0.7875(5)
H3 H 0.63320 0.21820 0.78140
C5 C 0.3588(16) 0.3095(13) 0.7414(4)
C6 C 0.4202(19) 0.2696(15) 0.6876(5)
H4 H 0.55600 0.21120 0.68150
C7 C 0.2946(19) 0.3111(16) 0.6453(4)
C8 C 0.3399(18) 0.2727(15) 0.5881(5)
H5 H 0.47240 0.21900 0.57640
C9 C 0.1751(19) 0.3212(16) 0.5540(4)
H6 H 0.18780 0.30100 0.51680
C10 C -0.0189(14) 0.4037(12) 0.5757(4)
H7 H -0.12720 0.43920 0.55050
C11 C -0.0643(17) 0.4360(14) 0.6264(4)
H8 H -0.20170 0.48990 0.63410
C12 C 0.0786(16) 0.3956(15) 0.6706(5)
C13 C 0.0176(17) 0.4369(12) 0.7243(4)
H9 H -0.11860 0.49500 0.73010
C14 C 0.1498(18) 0.3956(14) 0.7689(5)
C15 C 0.0913(19) 0.4315(14) 0.8233(5)
H10 H -0.04630 0.48550 0.83070
C16 C 0.2299(18) 0.3897(17) 0.8649(5)
#END
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2楼2014-01-16 10:42:52
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引用回帖:
2楼: Originally posted by cluster8676 at 2014-01-16 10:42:52
###########################################################################
#
#                 Cambridge Crystallographic Data Centre
#                                CCDC
#
################# ...

非常感谢你的回帖和付出，就是这个文件应该是有问题的，因为苯环等 有一定的畸形
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3楼2014-01-16 11:04:48
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